Ryzyko nowotworów może być zapisane w genach
U części pacjentów zwiększone ryzyko zachorowania na nowotwór wynika z wariantu genetycznego odziedziczonego po jednym z rodziców. Taka predyspozycja może być obecna od urodzenia i mieć znaczenie nie tylko dla pacjenta, ale również dla jego bliskich krewnych.
ONKOprofil nie rozpoznaje choroby nowotworowej. Badanie analizuje geny związane z dziedziczną predyspozycją do nowotworów i może pomóc w świadomym zaplanowaniu profilaktyki oraz konsultacji lekarskiej.
Kiedy warto rozważyć badanie?
- nowotwór wystąpił w rodzinie u kilku osób,
- choroba została rozpoznana w młodym wieku, np. przed 50. rokiem życia,
- w rodzinie występowały nowotwory piersi, jajnika, prostaty, jelita grubego, trzustki lub żołądka,
- u krewnego wykryto znany wariant patogenny.
Co daje wynik ONKOprofil?
Wynik może wskazać, czy pacjent powinien omówić z lekarzem indywidualny plan profilaktyki, wcześniejsze badania kontrolne lub konsultację genetyczną. W przypadku predyspozycji dziedzicznej informacja może być istotna również dla rodziny.
Ważne: wykrycie wariantu genetycznego nie oznacza rozpoznania nowotworu, a brak wariantu patogennego nie wyklucza 100% całkowicie ryzyka zachorowania. Wynik należy interpretować w kontekście wywiadu rodzinnego i przede wszystkim konsultować z lekarzem.
Badanie genetyczne ryzyka nowotworów dziedzicznych
ONKOprofil Novazym to badanie genetyczne ryzyka nowotworów dziedzicznych, które analizuje 108 genów związanych z predyspozycją do rozwoju wybranych chorób nowotworowych. Badanie może być szczególnie ważne dla osób, u których w rodzinie występowały nowotwory piersi, jajnika, prostaty, jelita grubego, trzustki, żołądka, nerki lub czerniak.
Celem badania nie jest rozpoznanie raka, ale ocena, czy pacjent posiada wariant genetyczny mogący zwiększać ryzyko zachorowania. Wynik może pomóc lekarzowi zaplanować indywidualną profilaktykę, wcześniejsze badania kontrolne, konsultację genetyczną oraz — w wybranych sytuacjach — diagnostykę członków rodziny.
Badanie genetyczne ryzyka nowotworów dziedzicznych warto rozważyć szczególnie wtedy, gdy nowotwór wystąpił u kilku krewnych, został rozpoznany w młodym wieku albo w rodzinie znany jest wariant patogenny w genach takich jak BRCA1, BRCA2, CHEK2, PALB2, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, APC, MUTYH, TP53 lub innych genach związanych z predyspozycją onkologiczną.
Księga genów ONKOprofil — 108 genów
Interaktywny atlas genów związanych z dziedziczną predyspozycją nowotworową. Każda karta pokazuje funkcję genu, model dziedziczenia, siłę udokumentowanego związku, penetrację, główne obszary kliniczne, znaczenie praktyczne oraz piśmiennictwo.
Jak rozumieć „siłę związku”?
To nie jest ocena „jak groźny jest gen” ani prawdopodobieństwo zachorowania. Siła związku opisuje, jak dobrze udokumentowana jest relacja pomiędzy wariantami danego genu a określoną dziedziczną predyspozycją. Ryzyko u konkretnej osoby zależy dodatkowo od penetracji, rodzaju wariantu, wieku, płci i historii rodzinnej.
Jak czytać wynik?
Klasa wariantu: P / LP / VUS
Dziedziczenie
Penetracja
Czego wynik ujemny nie wyklucza
Znaczenie genu
Patogenne warianty APC powodują rodzinną polipowatość gruczolakowatą (FAP) – zespół, w którym już w okresie dojrzewania lub u młodych dorosłych w jelicie grubym powstają setki do tysięcy gruczolaków. Bez leczenia profilaktycznego rak jelita grubego rozwija się praktycznie u wszystkich nosicieli, zwykle przed 40.–50. rokiem życia.
Fenotyp zależy od położenia wariantu w genie: warianty w skrajnych rejonach 5′ i 3′ oraz w obrębie egzonu 9 częściej dają postać osłabioną (AFAP, zwykle <100 polipów, późniejszy początek), a warianty w centralnym rejonie („mutation cluster region”) – postać ciężką. Do manifestacji pozajelitowych należą gruczolaki dwunastnicy, polipy gruczołów dna żołądka, guzy desmoidalne, rak brodawkowaty tarczycy (wariant sitowo-morulowy), kostniaki i przerost barwnikowy nabłonka siatkówki (CHRPE). Szczególną odmianą jest wariant APC I1307K (głównie u osób pochodzenia aszkenazyjskiego) – czynnik niskiego ryzyka, który nie powoduje FAP.
Znaczenie praktyczne
Wynik P/LP w APC jest jednym z najbardziej „aktywnych klinicznie” rezultatów panelu: uzasadnia kolonoskopowy nadzór od dzieciństwa/wczesnej młodości, planowanie profilaktycznej kolektomii, nadzór górnego odcinka przewodu pokarmowego i tarczycy oraz badania kaskadowe krewnych (w tym dzieci – badanie jest wskazane w wieku, w którym rozpoczyna się nadzór).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Część przypadków FAP wynika z dużych delecji, zmian w promotorze 1B lub mozaikowatości – ujemny wynik sekwencjonowania przy typowym fenotypie wymaga oceny CNV i ewentualnie badania tkanki polipów.
Wariant I1307K należy opisywać osobno jako wariant niskiego ryzyka (nie „FAP”).
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC GCEP): APC – FAP – definitywny (Seifert i wsp. 2019).
Źródła i piśmiennictwo (8)
- [1] APC-Associated Polyposis Conditions. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1345; PMID: 20301519
- [2] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [3] Syngal S, i wsp. ACG clinical guideline: genetic testing and management of hereditary gastrointestinal cancer syndromes. Am J Gastroenterol. 2015.
- [4] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
- [5] Kinzler KW, i wsp. Identification of FAP locus genes from chromosome 5q21. Science. 1991.
- [6] Groden J, i wsp. Identification and characterization of the familial adenomatous polyposis coli gene. Cell. 1991.
- [7] Zaffaroni G, i wsp. Updated European guidelines for clinical management of familial adenomatous polyposis (FAP), MUTYH-associated polyposis (MAP), gastric adenocarcinoma, proximal polyposis of the stomach (GAPPS) and other rare adenomatous polyposis syndromes: a joint EHTG-ESCP revision. Br J Surg. 2024.
- [8] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Colorectal Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Zespół predyspozycji nowotworowej BAP1 (BAP1-TPDS) został opisany w 2011 r. w rodzinach z międzybłoniakiem i czerniakiem błony naczyniowej oka. Obecnie wiadomo, że obejmuje co najmniej cztery główne nowotwory: czerniaka błony naczyniowej oka, międzybłoniaka, raka nerkowokomórkowego i czerniaka skóry, a także raka podstawnokomórkowego.
Wczesnym, charakterystycznym objawem mogą być mnogie, kopulaste, cieliste lub jasnobrązowe zmiany skórne – guzy melanocytowe z utratą ekspresji BAP1 (BIOP). Międzybłoniak u nosicieli pojawia się często wcześniej i ma lepsze rokowanie niż sporadyczny; znaczenie może mieć ekspozycja na azbest.
Znaczenie praktyczne
Nosicielstwo uzasadnia wieloletni nadzór okulistyczny (dno oka/USG), dermatologiczny, nerek (obrazowanie) oraz czujność w kierunku międzybłoniaka; w 2023 r. opublikowano europejskie zalecenia kliniczne nadzoru w BAP1-TPDS. Ważne jest unikanie ekspozycji na azbest i promieniowanie UV.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Wynik ujemny w badaniu krwi nie wyklucza somatycznej utraty BAP1 w guzie – to odrębne zagadnienie diagnostyki patomorfologicznej.
Klasyfikacja źródłowa: Zespół ujęty w GeneReviews; związek gen–choroba powszechnie uznawany za ustalony.
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Pilarski R, i wsp. BAP1 Tumor Predisposition Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK390611; PMID: 27748099
- [2] Testa JR, i wsp. Germline BAP1 mutations predispose to malignant mesothelioma. Nat Genet. 2011. PMID: 21874000
- [3] Walpole S, i wsp. Comprehensive study of the clinical phenotype of germline BAP1 variant-carrying families worldwide. J Natl Cancer Inst. 2018. PMID: 30517737
- [4] Lalloo F, i wsp. Clinical practice guidelines for the diagnosis and surveillance of BAP1 tumour predisposition syndrome. Eur J Hum Genet. 2023.
- [5] Wiesner T, i wsp. Germline mutations in BAP1 predispose to melanocytic tumors. Nat Genet. 2011.
- [6] Huang KL, i wsp. Pathogenic germline variants in 10,389 adult cancers. Cell. 2018.
Znaczenie genu
BRCA1 jest klasycznym genem zespołu dziedzicznego raka piersi i jajnika (HBOC). Nosicielki mają wysokie ryzyko raka piersi, często w młodym wieku i o fenotypie potrójnie ujemnym, oraz wysokie ryzyko raka jajnika/jajowodu (w tym surowiczego raka o wysokim stopniu złośliwości). Zwiększone jest także ryzyko raka trzustki i – u mężczyzn – raka prostaty.
W populacji polskiej BRCA1 ma szczególne znaczenie ze względu na warianty założycielskie: c.5266dupC (5382insC), c.181T>G (p.Cys61Gly), c.4035delA, c.3700_3704del5 oraz c.68_69delAG. Odpowiadają one za dużą część wszystkich wykrywanych wariantów BRCA1 w Polsce, ale nie za wszystkie – dlatego zalecane jest pełne sekwencjonowanie genu z analizą CNV.
Znaczenie praktyczne
Wynik P/LP ma bezpośrednie konsekwencje: intensywny nadzór piersi (MRI + mammografia), rozważenie mastektomii redukującej ryzyko, salpingo-owariektomii redukującej ryzyko w zalecanym wieku, a w przypadku choroby nowotworowej – kwalifikacja do leczenia inhibitorami PARP i dobór chemioterapii. Badania kaskadowe krewnych są standardem.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Duże delecje/duplikacje stanowią istotny odsetek wariantów – test musi obejmować analizę CNV (NGS z walidacją MLPA).
Warianty typu missense w domenach RING i BRCT wymagają interpretacji wg kryteriów ENIGMA/ClinGen VCEP.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen HBOC: BRCA1 – rak piersi i jajnika – definitywny (Lee i wsp. 2019).
Źródła i piśmiennictwo (8)
- [1] Petrucelli N, Daly MB, Pal T. BRCA1- and BRCA2-Associated Hereditary Breast and Ovarian Cancer. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1247; PMID: 20301425
- [2] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [3] Górski B, i wsp. Founder mutations in the BRCA1 gene in Polish families with breast-ovarian cancer. Am J Hum Genet. 2000. PMID: 10788334
- [4] Kuchenbaecker KB, i wsp. Risks of breast, ovarian, and contralateral breast cancer for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers. JAMA. 2017.
- [5] Sessa C, i wsp. Risk reduction and screening of cancer in hereditary breast-ovarian cancer syndromes: ESMO Clinical Practice Guideline. Ann Oncol. 2023.
- [6] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, Pancreatic, and Prostate (aktualna wersja).
- [7] Cybulski C, i wsp. The spectrum of mutations predisposing to familial breast cancer in Poland. Int J Cancer. 2019.
- [8] Miki Y, i wsp. A strong candidate for the breast and ovarian cancer susceptibility gene BRCA1. Science. 1994.
Znaczenie genu
BRCA2 jest drugim głównym genem HBOC. Ryzyko raka piersi jest porównywalne z BRCA1, natomiast ryzyko raka jajnika jest niższe i ujawnia się później. BRCA2 jest najważniejszym znanym genem predyspozycji do raka piersi u mężczyzn oraz do agresywnego raka prostaty; zwiększa także ryzyko raka trzustki i prawdopodobnie czerniaka.
Warianty bialleliczne (odziedziczone od obojga rodziców) powodują ciężką postać niedokrwistości Fanconiego z bardzo wczesnymi nowotworami (m.in. rdzeniak, guz Wilmsa, białaczki) – ma to znaczenie przy poradnictwie rozrodczym, gdy oboje partnerzy są nosicielami.
Znaczenie praktyczne
Wynik P/LP uzasadnia nadzór piersi, rozważenie zabiegów redukujących ryzyko, u mężczyzn – wcześniejszy nadzór prostaty (PSA) i ocenę piersi; w leczeniu raka piersi, jajnika, trzustki i prostaty – kwalifikację do inhibitorów PARP. Nadzór trzustki rozważa się przy obciążonym wywiadzie rodzinnym (zalecenia CAPS).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Jak w BRCA1 – wymagana analiza CNV.
Wariant c.9976A>T (p.Lys3326Ter) jest wariantem niskiego ryzyka i nie powinien być raportowany jak klasyczny wariant patogenny.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen HBOC: BRCA2 – rak piersi i jajnika – definitywny (Lee i wsp. 2019).
Źródła i piśmiennictwo (8)
- [1] Petrucelli N, Daly MB, Pal T. BRCA1- and BRCA2-Associated Hereditary Breast and Ovarian Cancer. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1247; PMID: 20301425
- [2] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [3] Kuchenbaecker KB, i wsp. Risks of breast, ovarian, and contralateral breast cancer for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers. JAMA. 2017.
- [4] Wooster R, i wsp. Identification of the breast cancer susceptibility gene BRCA2. Nature. 1995.
- [5] Pritchard CC, i wsp. Inherited DNA-repair gene mutations in men with metastatic prostate cancer. N Engl J Med. 2016. PMID: 27433846
- [6] Sessa C, i wsp. Risk reduction and screening of cancer in hereditary breast-ovarian cancer syndromes: ESMO Clinical Practice Guideline. Ann Oncol. 2023.
- [7] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, Pancreatic, and Prostate (aktualna wersja).
- [8] Goggins M, i wsp. Management of patients with increased risk for familial pancreatic cancer: updated recommendations from the International Cancer of the Pancreas Screening (CAPS) Consortium. Gut. 2020.
Znaczenie genu
Patogenne warianty CDH1 powodują zespół dziedzicznego rozlanego raka żołądka i zrazikowego raka piersi (HDGC/HLBC). Rak żołądka w tym zespole rozwija się w postaci ognisk komórek sygnetowatych pod prawidłowo wyglądającą błoną śluzową, dlatego endoskopia ma ograniczoną czułość.
Nowsze kohorty (obejmujące rodziny wykryte przez testy panelowe, a nie tylko rodziny z wieloma zachorowaniami) wskazują na niższe ryzyko raka żołądka niż dawne szacunki (ok. 70–80%), co zmieniło dyskusję o momencie profilaktycznej gastrektomii.
Znaczenie praktyczne
Wynik P/LP uzasadnia konsultację w ośrodku doświadczonym w HDGC: omówienie profilaktycznej całkowitej gastrektomii lub intensywnego nadzoru endoskopowego wg protokołu (np. Cambridge), a u kobiet – nadzór piersi z MRI od ok. 30. r.ż. Zalecenia IGCLC z 2020 r. rozszerzyły kryteria testowania.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Interpretacja wariantów CDH1 podlega dedykowanym kryteriom ClinGen CDH1 VCEP.
Wykrycie wariantu CDH1 u osoby bez rodzinnej historii raka żołądka (tzw. wynik przypadkowy) wymaga ostrożnego omówienia ryzyka.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen HBOC: CDH1 – zrazikowy rak piersi – definitywny; CDH1 – HDGC – definitywny.
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] Hereditary Diffuse Gastric Cancer. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1139
- [2] Blair VR, i wsp. Hereditary diffuse gastric cancer: updated clinical practice guidelines. Lancet Oncol. 2020. PMID: 32758476
- [3] Hansford S, i wsp. Hereditary diffuse gastric cancer syndrome: CDH1 mutations and beyond. JAMA Oncol. 2015. PMID: 26182300
- [4] Guilford P, i wsp. E-cadherin germline mutations in familial gastric cancer. Nature. 1998.
- [5] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [6] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
- [7] Roberts ME, i wsp. Comparison of CDH1 penetrance estimates in clinically ascertained families vs families ascertained for multiple gastric cancers. JAMA Oncol. 2019.
Znaczenie genu
CDKN2A jest głównym genem rodzinnego czerniaka (zespół FAMMM – rodzinnych atypowych znamion mnogich i czerniaka). Nosiciele często mają liczne znamiona atypowe, zachorowania w młodym wieku i mnogie pierwotne czerniaki. Część wariantów (np. p16-Leiden) wiąże się z wyraźnie zwiększonym ryzykiem raka trzustki (rzędu kilkunastu procent w ciągu życia).
Penetracja czerniaka zależy silnie od szerokości geograficznej i ekspozycji na UV – najwyższa jest w Australii, niższa w Europie. W Polsce opisywano ponadto wariant c.442G>A (p.Ala148Thr), który jest wariantem niskiego ryzyka i nie powinien być interpretowany jak klasyczny wariant patogenny.
Znaczenie praktyczne
Wynik P/LP uzasadnia regularną kontrolę dermatologiczną z dermatoskopią (często z mapowaniem znamion), edukację w zakresie ochrony przed UV oraz – przy wariantach i historii rodzinnej wskazujących na ryzyko trzustkowe – rozważenie nadzoru trzustki w ośrodku specjalistycznym (zalecenia CAPS).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Należy analizować oba transkrypty (p16INK4a i p14ARF) oraz CNV (delecje obejmujące cały locus 9p21).
Klasyfikacja źródłowa: Związek CDKN2A – rodzinny czerniak i rak trzustki powszechnie uznany za ustalony; rozdział GeneReviews z 2025 r.
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] CDKN2A Cancer Predisposition. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. (rozdział z 2025 r.) NBK616232; PMID: 40674536
- [2] Bishop DT, i wsp. Geographical variation in the penetrance of CDKN2A mutations for melanoma. J Natl Cancer Inst. 2002. PMID: 12072543
- [3] Goldstein AM, i wsp. High-risk melanoma susceptibility genes and pancreatic cancer, neural system tumors, and uveal melanoma across GenoMEL. Cancer Res. 2006.
- [4] Vasen HF, i wsp. Risk of developing pancreatic cancer in families with familial atypical multiple mole melanoma associated with a specific 19 deletion of p16 (p16-Leiden). Int J Cancer. 2000.
- [5] Dębniak T, i wsp. A common variant of CDKN2A (p16) predisposes to breast cancer. J Med Genet. 2005.
- [6] Goggins M, i wsp. Management of patients with increased risk for familial pancreatic cancer: updated recommendations from the International Cancer of the Pancreas Screening (CAPS) Consortium. Gut. 2020.
- [7] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Zespół predyspozycji DICER1 obejmuje charakterystyczne, rzadkie guzy wieku dziecięcego i młodzieńczego – przede wszystkim blastomę płucno-opłucnową (najczęstszy pierwotny nowotwór płuca u dzieci), a także guzy jajnika z komórek Sertolego-Leydiga oraz choroby tarczycy (wole wieloguzkowe, rak zróżnicowany).
Mechanizm jest typowy: wariant germinalny inaktywujący w połączeniu z somatycznym wariantem „hotspot” w domenie RNazy IIIb w guzie. Choć gen należy do klasycznych zespołów, ogólna penetracja nowotworów złośliwych jest niska – co trzeba jasno komunikować, aby nie wywoływać nadmiernego niepokoju.
Znaczenie praktyczne
Nosicielstwo u dziecka uzasadnia nadzór wg zaleceń międzynarodowego rejestru PPB/DICER1 (m.in. RTG/TK klatki piersiowej we wczesnym dzieciństwie, USG jamy brzusznej i miednicy, USG tarczycy). U dorosłych nadzór dotyczy głównie tarczycy i jajników.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Ze względu na mozaikowatość wynik ujemny w krwi przy typowym guzie nie wyklucza zespołu.
Umieszczenie w Grupie I jest uzasadnione siłą dowodów, ale opis powinien podkreślać niską penetrację – proponujemy etykietę penetracji „zmienna / niska”.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Schultz KAP, i wsp. DICER1-Related Tumor Predisposition. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK196157
- [2] Hill DA, i wsp. DICER1 mutations in familial pleuropulmonary blastoma. Science. 2009.
- [3] Schultz KAP, i wsp. DICER1 and associated conditions: identification of at-risk individuals and recommended surveillance strategies. Clin Cancer Res. 2018.
- [4] Stewart DR, i wsp. Neoplasm risk among individuals with a pathogenic germline variant in DICER1. J Clin Oncol. 2019.
- [5] Brodeur GM, i wsp. Pediatric cancer predisposition and surveillance: an overview, and a tribute to Alfred G. Knudson Jr (AACR Childhood Cancer Predisposition Workshop). Clin Cancer Res. 2017.
- [6] Zhang J, i wsp. Germline mutations in predisposition genes in pediatric cancer. N Engl J Med. 2015.
Znaczenie genu
Za zespół Lyncha odpowiadają wyłącznie delecje obejmujące ostatnie egzony EPCAM (wraz z sygnałem poliadenylacji). Transkrypcja z EPCAM „przechodzi” wówczas do sąsiedniego genu MSH2 i prowadzi do metylacji jego promotora – ale tylko w tkankach, w których EPCAM ulega ekspresji (głównie nabłonki). Dlatego fenotyp jest zdominowany przez raka jelita grubego.
Warianty punktowe (missense, synonimiczne) w EPCAM zazwyczaj nie mają znaczenia dla zespołu Lyncha i nie powinny być interpretowane jako przyczyna predyspozycji.
Znaczenie praktyczne
Postępowanie jak w zespole Lyncha: kolonoskopia co 1–2 lata od ok. 20.–25. r.ż., indywidualne omówienie nadzoru i profilaktyki ginekologicznej, rozważenie aspiryny wg aktualnych zaleceń; badania kaskadowe krewnych.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Wymagana czuła detekcja CNV (NGS + MLPA) – wykrycie wariantów EPCAM jest praktycznie wyłącznie wykrywaniem delecji.
Guz zwykle wykazuje MSI-H i utratę ekspresji MSH2/MSH6 w IHC.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): EPCAM (delecje 3′) – zespół Lyncha – ustalony.
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Idos G, Valle L. Lynch Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1211
- [2] Ligtenberg MJ, i wsp. Heritable somatic methylation and inactivation of MSH2 in families with Lynch syndrome due to deletion of the 3′ exons of TACSTD1. Nat Genet. 2009. PMID: 19098912
- [3] Kempers MJ, i wsp. Risk of colorectal and endometrial cancers in EPCAM deletion-positive Lynch syndrome: a cohort study. Lancet Oncol. 2011.
- [4] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [5] Seppälä TT, i wsp. European guidelines from the EHTG and ESCP for Lynch syndrome: an updated third edition of the Mallorca guidelines based on gene and gender. Br J Surg. 2021. PMID: 34043773
- [6] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
Znaczenie genu
Zespół predyspozycji nowotworowej FH (dawniej HLRCC – dziedziczna leiomiomatoza i rak nerki) obejmuje liczne mięśniaki skóry, bardzo wczesne i mnogie mięśniaki macicy oraz agresywny rak nerki (FH-deficient RCC), który może dawać przerzuty nawet przy małych rozmiarach guza.
Rak nerki w tym zespole jest zwykle jednostronny i pojedynczy, dlatego nie obowiązuje zasada „obserwacji do 3 cm” stosowana w innych dziedzicznych zespołach nerkowych – zmiany wymagają szybkiego leczenia chirurgicznego.
Znaczenie praktyczne
Nosicielstwo uzasadnia coroczny rezonans nerek (zwykle od wczesnej młodości), kontrolę ginekologiczną i dermatologiczną oraz badania krewnych.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Wariant c.1431_1433dupAAA (p.Lys477dup) jest częsty w populacji i związany głównie ze stanem recesywnym – wymaga ostrożnej interpretacji w kontekście nowotworowym.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] FH Tumor Predisposition Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1252
- [2] Tomlinson IP, i wsp. Germline mutations in FH predispose to dominantly inherited uterine fibroids, skin leiomyomata and papillary renal cell cancer. Nat Genet. 2002. PMID: 11865300
- [3] Menko FH, i wsp. Hereditary leiomyomatosis and renal cell cancer (HLRCC): renal cancer risk, surveillance and treatment. Fam Cancer. 2014.
- [4] Forde C, i wsp. Hereditary leiomyomatosis and renal cell cancer: clinical, molecular, and screening features in a cohort of 185 affected individuals. Eur Urol Oncol. 2020.
- [5] Neumann HPH, Young WF Jr, Eng C. Pheochromocytoma and paraganglioma. N Engl J Med. 2019.
Znaczenie genu
Warianty patogenne FLCN powodują zespół Birta-Hogga-Dubé (BHD). Najczęstsze objawy to mnogie drobne grudki na twarzy i szyi (fibrofolliculoma), liczne torbiele płuc z nawracającą samoistną odmą opłucnową oraz zwiększone ryzyko guzów nerek, często obustronnych i wieloogniskowych.
Nowotwory nerek w BHD mają zwykle łagodniejszy przebieg niż w zespole FH, co pozwala na strategię oszczędzającą nerki.
Znaczenie praktyczne
Zalecany jest regularny rezonans nerek od ok. 20. r.ż.; osoby z torbielami płuc powinny znać objawy odmy i unikać np. nurkowania z butlą. Badanie krewnych jest wskazane.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Samoistna odma w młodym wieku z rodzinnym obciążeniem jest wskazaniem do rozważenia badania FLCN.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Sattler EC, Steinlein OK. Birt-Hogg-Dubé Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1522; PMID: 20301695
- [2] Nickerson ML, i wsp. Mutations in a novel gene lead to kidney tumors, lung wall defects, and benign tumors of the hair follicle in patients with the Birt-Hogg-Dubé syndrome. Cancer Cell. 2002. PMID: 12204536
- [3] Menko FH, i wsp. Birt-Hogg-Dubé syndrome: diagnosis and management. Lancet Oncol. 2009.
- [4] Schmidt LS, Linehan WM. FLCN: the causative gene for Birt-Hogg-Dubé syndrome. Gene. 2018.
- [5] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Birt-Hogg-Dubé Syndrome (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute. PMID: 33724752
- [6] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Kidney Cancer (Renal Cell Cancer) (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Zespół mnogiej gruczolakowatości wewnątrzwydzielniczej typu 1 (MEN1) charakteryzuje się triadą: pierwotna nadczynność przytarczyc (u niemal wszystkich nosicieli, często jako pierwszy objaw), guzy neuroendokrynne żołądkowo-jelitowo-trzustkowe oraz gruczolaki przysadki.
Główną przyczyną zgonów są złośliwe guzy neuroendokrynne trzustki/dwunastnicy oraz rakowiaki grasicy (szczególnie u mężczyzn palących tytoń).
Znaczenie praktyczne
Nosicielstwo uzasadnia nadzór biochemiczny i obrazowy od wczesnego dzieciństwa wg wytycznych (Thakker i wsp. 2012 oraz nowsze zalecenia europejskie), a badanie krewnych pozwala wyłączyć z nadzoru osoby niebędące nosicielami.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Ok. 10–25% osób z klinicznym MEN1 nie ma wykrywalnego wariantu MEN1 (fenokopie, CDKN1B/MEN4, mozaikowatość).
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Multiple Endocrine Neoplasia Type 1. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1538
- [2] Thakker RV, i wsp. Clinical practice guidelines for multiple endocrine neoplasia type 1 (MEN1). J Clin Endocrinol Metab. 2012.
- [3] Chandrasekharappa SC, i wsp. Positional cloning of the gene for multiple endocrine neoplasia-type 1. Science. 1997.
- [4] Brandi ML, i wsp. Multiple endocrine neoplasia type 1: latest insights. Endocr Rev. 2021.
- [5] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Endocrine and Neuroendocrine Neoplasias (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
MLH1 i MSH2 są genami najwyższego ryzyka w zespole Lyncha. Nosiciele wariantów MLH1 mają szczególnie wysokie ryzyko raka jelita grubego, często w młodym wieku, a u kobiet – raka endometrium i jajnika.
Guzy wykazują niestabilność mikrosatelitarną (MSI-H) i utratę ekspresji MLH1/PMS2 w IHC. Ważne jest odróżnienie od sporadycznej metylacji promotora MLH1 (typowej dla raka z mutacją BRAF V600E u osób starszych) oraz od rzadkich konstytucjonalnych epimutacji MLH1.
Znaczenie praktyczne
Kolonoskopia co 1–2 lata od ok. 20.–25. r.ż., omówienie profilaktycznej histerektomii z przydatkami po zakończeniu planów rozrodczych, rozważenie aspiryny (dane CAPP2), a w leczeniu – immunoterapia inhibitorami punktów kontrolnych w guzach dMMR/MSI-H.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Epimutacje MLH1 nie są wykrywane przez sekwencjonowanie – przy niewyjaśnionym dMMR potrzebna jest analiza metylacji.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): MLH1 – zespół Lyncha – definitywny (Seifert i wsp. 2019).
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] Idos G, Valle L. Lynch Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1211
- [2] Dominguez-Valentin M, i wsp. Cancer risks by gene, age, and gender in 6350 carriers of pathogenic mismatch repair variants: findings from the Prospective Lynch Syndrome Database. Genet Med. 2020. PMID: 31337882
- [3] Seppälä TT, i wsp. European guidelines from the EHTG and ESCP for Lynch syndrome: an updated third edition of the Mallorca guidelines based on gene and gender. Br J Surg. 2021. PMID: 34043773
- [4] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [5] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
- [6] Bonadona V, i wsp. Cancer risks associated with germline mutations in MLH1, MSH2, and MSH6 genes in Lynch syndrome. JAMA. 2011.
- [7] Burn J, i wsp. Cancer prevention with aspirin in hereditary colorectal cancer (Lynch syndrome), 10-year follow-up and registry-based 20-year data in the CAPP2 study. Lancet. 2020.
Znaczenie genu
MSH2 ma najszersze spektrum nowotworów pozajelitowych w zespole Lyncha. Szczególną cechą jest wysokie ryzyko raka urotelialnego górnych dróg moczowych oraz zmian skórnych (gruczolaki/raki łojowe, rogowiak kolczystokomórkowy – zespół Muira-Torre’a).
Przyczyną zespołu mogą być też zmiany niewykrywalne standardowym sekwencjonowaniem: inwersja egzonów 1–7 („Boland inversion”) oraz delecje 3′ EPCAM wyciszające MSH2.
Znaczenie praktyczne
Postępowanie jak w MLH1; dodatkowo rozważa się nadzór dróg moczowych (badanie ogólne moczu/cytologia) w zależności od wywiadu rodzinnego oraz regularną kontrolę dermatologiczną.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Inwersja egzonów 1–7 MSH2 wymaga metod ukierunkowanych (np. analiza punktów złamań, long-read, RNA) – warto opisać to jako ograniczenie testu.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): MSH2 – zespół Lyncha – definitywny.
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] Idos G, Valle L. Lynch Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1211
- [2] Dominguez-Valentin M, i wsp. Cancer risks by gene, age, and gender in 6350 carriers of pathogenic mismatch repair variants: findings from the Prospective Lynch Syndrome Database. Genet Med. 2020. PMID: 31337882
- [3] Seppälä TT, i wsp. European guidelines from the EHTG and ESCP for Lynch syndrome: an updated third edition of the Mallorca guidelines based on gene and gender. Br J Surg. 2021. PMID: 34043773
- [4] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [5] Bonadona V, i wsp. Cancer risks associated with germline mutations in MLH1, MSH2, and MSH6 genes in Lynch syndrome. JAMA. 2011.
- [6] Rhees J, i wsp. Inversion of exons 1–7 of the MSH2 gene is a frequent cause of unexplained Lynch syndrome in one local population. Fam Cancer. 2014.
- [7] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
Znaczenie genu
Warianty MSH6 dają „łagodniejszą” postać zespołu Lyncha w odniesieniu do jelita grubego – ryzyko raka jelita jest niższe, a zachorowania występują później niż przy MLH1/MSH2. Dominującym nowotworem u kobiet jest rak endometrium, którego ryzyko pozostaje wysokie.
Guzy mogą mieć jedynie niską niestabilność (MSI-L) lub prawidłowy fenotyp MSI, choć w IHC zwykle stwierdza się utratę MSH6.
Znaczenie praktyczne
Wytyczne dostosowane do genu (EHTG/NCCN) dopuszczają późniejsze rozpoczęcie kolonoskopii (ok. 30.–35. r.ż.); u kobiet kluczowe jest omówienie profilaktyki ginekologicznej.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Testowanie IHC może dawać wyniki niejednoznaczne po chemioterapii/radioterapii (np. w raku odbytnicy).
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): MSH6 – zespół Lyncha – definitywny.
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] Idos G, Valle L. Lynch Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1211
- [2] Dominguez-Valentin M, i wsp. Cancer risks by gene, age, and gender in 6350 carriers of pathogenic mismatch repair variants: findings from the Prospective Lynch Syndrome Database. Genet Med. 2020. PMID: 31337882
- [3] Seppälä TT, i wsp. European guidelines from the EHTG and ESCP for Lynch syndrome: an updated third edition of the Mallorca guidelines based on gene and gender. Br J Surg. 2021. PMID: 34043773
- [4] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [5] Bonadona V, i wsp. Cancer risks associated with germline mutations in MLH1, MSH2, and MSH6 genes in Lynch syndrome. JAMA. 2011.
- [6] Baglietto L, i wsp. Risks of Lynch syndrome cancers for MSH6 mutation carriers. J Natl Cancer Inst. 2010.
- [7] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
Znaczenie genu
Neurofibromatoza typu 1 jest jednym z najczęstszych zespołów genetycznych (ok. 1 : 3000 urodzeń). Rozpoznanie zwykle stawia się klinicznie (plamy café-au-lait, piegowatość okolic pach i pachwin, nerwiakowłókniaki, guzki Lischa) wg kryteriów zrewidowanych w 2021 r.
Z perspektywy onkologicznej najważniejsze są: przemiana nerwiakowłókniaka splotowatego w MPNST, glejaki (u dzieci głównie drogi wzrokowej), guzy chromochłonne oraz ok. 3–5-krotnie zwiększone ryzyko raka piersi u kobiet przed 50. r.ż.
Znaczenie praktyczne
Wynik P/LP (lub rozpoznanie kliniczne) uzasadnia opiekę w wielospecjalistycznej poradni NF1; u kobiet – nadzór piersi od ok. 30. r.ż. (mammografia, rozważenie MRI). W leczeniu nerwiakowłókniaków splotowatych stosuje się inhibitory MEK (selumetynib).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Gen jest duży i ma pseudogeny; ok. 5% chorych ma mikrodelecję całego genu (cięższy fenotyp) – wymagana analiza CNV.
W panelu onkologicznym wynik NF1 u dorosłego bez objawów może być wynikiem mozaikowatości lub zmiany somatycznej (CHIP) – interpretować z fenotypem.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Friedman JM. Neurofibromatosis 1. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1109
- [2] Legius E, i wsp. Revised diagnostic criteria for neurofibromatosis type 1 and Legius syndrome: an international consensus recommendation. Genet Med. 2021. PMID: 34012067
- [3] Madanikia SA, i wsp. Increased risk of breast cancer in women with NF1. Am J Med Genet A. 2012. PMID: 23165953
- [4] Evans DG, i wsp. Malignant peripheral nerve sheath tumours in neurofibromatosis 1. J Med Genet. 2002.
- [5] Stewart DR, i wsp. Care of adults with neurofibromatosis type 1: a clinical practice resource of the ACMG. Genet Med. 2018.
Znaczenie genu
Od 2022 r. obowiązuje nowa nomenklatura – „schwannomatoza związana z NF2” (NF2-related schwannomatosis) zamiast „neurofibromatoza typu 2”. Cechą charakterystyczną są obustronne nerwiaki osłonkowe nerwu VIII prowadzące do utraty słuchu, a także mnogie oponiaki i wyściółczaki.
Guzy są w większości histologicznie łagodne, ale ze względu na lokalizację powodują istotną niepełnosprawność; ciężkość choroby zależy od typu wariantu (warianty skracające – postać cięższa).
Znaczenie praktyczne
Nosicielstwo uzasadnia coroczny nadzór (MRI mózgu i kręgosłupa, audiologia) od dzieciństwa w ośrodku referencyjnym; w leczeniu nerwiaków stosuje się m.in. bewacyzumab.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Przy wysokim odsetku mozaikowatości wynik z krwi może być ujemny – możliwe badanie tkanki dwóch niezależnych guzów.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Evans DG. NF2-Related Schwannomatosis. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1201
- [2] Plotkin SR, i wsp. Updated diagnostic criteria and nomenclature for neurofibromatosis type 2 and schwannomatosis: an international consensus recommendation. Genet Med. 2022. PMID: 35674741
- [3] Evans DG, i wsp. Updated protocol for genetic testing, screening and clinical management of individuals at risk of NF2-related schwannomatosis. Clin Genet. 2023. PMID: 36762955
- [4] Evans DG, i wsp. Cancer and central nervous system tumor surveillance in pediatric neurofibromatosis 2 and related disorders. Clin Cancer Res. 2017.
- [5] LZTR1- and SMARCB1-Related Schwannomatosis. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK487394; PMID: 29517885
Znaczenie genu
PALB2 jest obecnie uznawany za gen wysokiego ryzyka raka piersi – ryzyko jest zbliżone do BRCA2 w rodzinach z licznymi zachorowaniami. Zwiększone jest również ryzyko raka trzustki i (w mniejszym stopniu) raka jajnika.
W Polsce opisano dwa powtarzalne warianty: c.509_510delGA i c.172_175delTTGT; w polskiej prospektywnej kohorcie Cybulskiego i wsp. nosicielstwo wiązało się z gorszym rokowaniem w raku piersi.
Znaczenie praktyczne
Postępowanie zbliżone do BRCA2: nadzór piersi z MRI od ok. 30. r.ż., indywidualne omówienie mastektomii redukującej ryzyko, rozważenie adneksektomii po 45.–50. r.ż.; nadzór trzustki przy obciążonym wywiadzie; kwalifikacja do inhibitorów PARP w leczeniu (zalecenia ACMG 2021).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Warianty missense PALB2 rzadko są jednoznacznie patogenne – wymagają danych funkcjonalnych.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen HBOC: PALB2 – rak piersi – definitywny.
Źródła i piśmiennictwo (8)
- [1] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [2] Tischkowitz M, i wsp. Management of individuals with germline variants in PALB2: a clinical practice resource of the ACMG. Genet Med. 2021.
- [3] Cybulski C, i wsp. Clinical outcomes in women with breast cancer and a PALB2 mutation: a prospective cohort analysis. Lancet Oncol. 2015. PMID: 25959805
- [4] Antoniou AC, i wsp. Breast-cancer risk in families with mutations in PALB2. N Engl J Med. 2014.
- [5] Yang X, i wsp. Cancer risks associated with germline PALB2 pathogenic variants: an international study of 524 families. J Clin Oncol. 2020.
- [6] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [7] Hu C, i wsp. A population-based study of genes previously implicated in breast cancer (CARRIERS). N Engl J Med. 2021. PMID: 33471974
- [8] Cybulski C, i wsp. The spectrum of mutations predisposing to familial breast cancer in Poland. Int J Cancer. 2019.
Znaczenie genu
PMS2 jest genem zespołu Lyncha o najniższej penetracji. Duże badania (ten Broeke i wsp. 2018) wykazały, że ryzyko raka jelita grubego i endometrium jest wyraźnie mniejsze niż przy innych genach MMR, a ryzyko nowotworów pozajelitowych nie jest istotnie zwiększone.
Umieszczenie PMS2 w Grupie I wynika z siły dowodów, ale opis powinien jasno mówić o niższej penetracji. Warianty bialleliczne PMS2 są najczęstszą przyczyną CMMRD – ciężkiego zespołu z nowotworami w dzieciństwie.
Znaczenie praktyczne
Wytyczne dopuszczają rozpoczęcie kolonoskopii w wieku ok. 30–35 lat i rzadsze odstępy; decyzje ginekologiczne podejmuje się indywidualnie.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Pseudogen PMS2CL (wysoka homologia egzonów 11–15) utrudnia wykrywanie wariantów i delecji – wymagane metody specyficzne (long-range PCR, dedykowana bioinformatyka, MLPA). To jedno z najważniejszych ograniczeń technicznych panelu i powinno być opisane w dokumentacji testu.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): PMS2 – zespół Lyncha – definitywny.
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] Idos G, Valle L. Lynch Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1211
- [2] ten Broeke SW, i wsp. Cancer risks for PMS2-associated Lynch syndrome. J Clin Oncol. 2018. PMID: 30161022
- [3] Dominguez-Valentin M, i wsp. Cancer risks by gene, age, and gender in 6350 carriers of pathogenic mismatch repair variants: findings from the Prospective Lynch Syndrome Database. Genet Med. 2020. PMID: 31337882
- [4] Seppälä TT, i wsp. European guidelines from the EHTG and ESCP for Lynch syndrome: an updated third edition of the Mallorca guidelines based on gene and gender. Br J Surg. 2021. PMID: 34043773
- [5] Vaughn CP, i wsp. Clinical analysis of PMS2: mutation detection and avoidance of pseudogenes. Hum Mutat. 2010.
- [6] Vaughn CP, i wsp. Avoidance of pseudogene interference in the detection of 3′ deletions in PMS2. Hum Mutat. 2011. PMID: 21618646
- [7] Evaluation of pathogenic variants detected in high homology regions of the PMS2 gene. How effective is long-range PCR? Front Oncol. 2024. PMID: 38957325
Znaczenie genu
Warianty PTCH1 powodują zespół Gorlina (zespół znamion podstawnokomórkowych, NBCCS): mnogie raki podstawnokomórkowe (często od młodości), rogowaciejące torbiele zębopochodne, dołeczki na dłoniach i stopach, zwapnienia sierpu mózgu, wady żeber i makrocefalię.
Kluczowa jest nadwrażliwość na promieniowanie jonizujące – po radioterapii w polu napromieniania pojawiają się liczne raki podstawnokomórkowe.
Znaczenie praktyczne
Nosicielstwo uzasadnia regularną kontrolę dermatologiczną, stomatologiczną (RTG pantomograficzne), u małych dzieci – nadzór neurologiczny/MRI; należy unikać radioterapii i ograniczać badania z promieniowaniem jonizującym (preferowane MRI).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Ok. 15–25% chorych z klinicznym zespołem Gorlina nie ma wariantu PTCH1 – część ma warianty SUFU; PTCH2 nie jest uznanym genem zespołu (patrz PTCH2).
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Evans DG, Farndon PA. Nevoid Basal Cell Carcinoma Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1151
- [2] Hahn H, i wsp. Mutations of the human homolog of Drosophila patched in the nevoid basal cell carcinoma syndrome. Cell. 1996.
- [3] Johnson RL, i wsp. Human homolog of patched, a candidate gene for the basal cell nevus syndrome. Science. 1996.
- [4] Smith MJ, i wsp. Germline mutations in SUFU cause Gorlin syndrome-associated childhood medulloblastoma and redefine the risk associated with PTCH1 mutations. J Clin Oncol. 2014. PMID: 25403219
- [5] Foulkes WD, i wsp. Cancer surveillance in Gorlin syndrome and rhabdoid tumor predisposition syndrome. Clin Cancer Res. 2017.
Znaczenie genu
Zespół hamartomatyczny PTEN (PHTS) obejmuje zespół Cowdena, zespół Bannayana-Rileya-Ruvalcaby i część przypadków zespołu Proteusa-podobnego. Typowe są makrocefalia, zmiany skórno-śluzówkowe, polipy hamartomatyczne przewodu pokarmowego oraz – u części dzieci – zaburzenia ze spektrum autyzmu.
Ryzyko raka piersi jest porównywalne z BRCA1/2, a ryzyko raka tarczycy (zwłaszcza pęcherzykowego) jest istotnie podwyższone już od dzieciństwa.
Znaczenie praktyczne
Nosicielstwo uzasadnia nadzór piersi (od ok. 30. r.ż.), coroczne USG tarczycy (od dzieciństwa), nadzór endometrium, kolonoskopię od ok. 35. r.ż., obrazowanie nerek oraz dermatologię.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Część pacjentów z fenotypem Cowdena bez wariantu PTEN ma zmiany w innych genach (np. SDHx, PIK3CA, AKT1) lub hipermetylację KLLN – patrz KLLN.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen HBOC: PTEN – rak piersi – definitywny.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Eng C. PTEN Hamartoma Tumor Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1488; PMID: 20301661
- [2] Tan MH, i wsp. Lifetime cancer risks in individuals with germline PTEN mutations. Clin Cancer Res. 2012. PMID: 22252256
- [3] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [4] Tischkowitz M, i wsp. Cancer surveillance guideline for individuals with PTEN hamartoma tumour syndrome. Eur J Hum Genet. 2020.
- [5] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, Pancreatic, and Prostate (aktualna wersja).
Znaczenie genu
Germinalne warianty RB1 odpowiadają za dziedziczną postać siatkówczaka – zwykle obustronnego i rozpoznawanego we wczesnym dzieciństwie. Każde dziecko z obustronnym siatkówczakiem należy traktować jako nosiciela wariantu germinalnego, a ok. 15% dzieci z jednostronnym guzem również ma wariant w linii zarodkowej.
Ocaleni z dziedzicznego siatkówczaka mają przez całe życie podwyższone ryzyko drugich nowotworów, szczególnie mięsaków, silnie zwiększone po radioterapii.
Znaczenie praktyczne
Kluczowe jest badanie noworodków i niemowląt w rodzinach nosicieli (badania dna oka w znieczuleniu od urodzenia) – wczesne wykrycie ratuje wzrok i życie. U dorosłych nosicieli: edukacja, unikanie promieniowania, czujność onkologiczna.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Czułość testu z krwi obniża mozaikowatość; przy jednostronnym guzie najlepsze jest badanie tkanki guza + krwi.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Lohmann DR, Gallie BL. Retinoblastoma. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1452; PMID: 20301625
- [2] Knudson AG Jr. Mutation and cancer: statistical study of retinoblastoma. Proc Natl Acad Sci USA. 1971.
- [3] Kleinerman RA, i wsp. Risk of new cancers after radiotherapy in long-term survivors of retinoblastoma: an extended follow-up. J Clin Oncol. 2005.
- [4] Kamihara J, i wsp. Retinoblastoma and neuroblastoma predisposition and surveillance. Clin Cancer Res. 2017.
- [5] Brodeur GM, i wsp. Pediatric cancer predisposition and surveillance: an overview, and a tribute to Alfred G. Knudson Jr (AACR Childhood Cancer Predisposition Workshop). Clin Cancer Res. 2017.
Znaczenie genu
Aktywujące warianty germinalne RET powodują zespół mnogiej gruczolakowatości wewnątrzwydzielniczej typu 2 (MEN2A, MEN2B) oraz rodzinnego raka rdzeniastego tarczycy. To jeden z nielicznych przykładów w onkologii, gdzie genotyp (konkretny kodon) bezpośrednio wyznacza wiek zalecanej profilaktycznej tyreoidektomii.
Wytyczne ATA (2015) dzielą warianty na kategorie ryzyka: najwyższe (M918T – MEN2B; tyreoidektomia w 1. roku życia), wysokie (kodon 634, A883F; do 5. r.ż.) i umiarkowane (pozostałe; decyzja w zależności od kalcytoniny).
Znaczenie praktyczne
Wynik P/LP ma natychmiastowe konsekwencje: profilaktyczna tyreoidektomia w wieku zależnym od kodonu, nadzór kalcytoniny, metoksykatecholamin i wapnia. Przed każdą operacją należy wykluczyć guza chromochłonnego. W leczeniu zaawansowanego raka – selektywne inhibitory RET (selperkatynib, pralsetynib).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Interpretacja musi uwzględniać wyłącznie warianty aktywujące w określonych eksonach (10, 11, 13–16); warianty skracające nie powodują MEN2.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews; ATA 2015).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Multiple Endocrine Neoplasia Type 2. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1257
- [2] Wells SA Jr, i wsp. Revised American Thyroid Association guidelines for the management of medullary thyroid carcinoma. Thyroid. 2015. PMID: 25810047
- [3] Mulligan LM, i wsp. Germ-line mutations of the RET proto-oncogene in multiple endocrine neoplasia type 2A. Nature. 1993.
- [4] Neumann HPH, Young WF Jr, Eng C. Pheochromocytoma and paraganglioma. N Engl J Med. 2019.
- [5] Hereditary Paraganglioma-Pheochromocytoma Syndromes. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1548
Znaczenie genu
SDHB jest genem o największym znaczeniu klinicznym w dziedzicznych zespołach PPGL, ponieważ wiąże się z najwyższym ryzykiem przerzutów (złośliwego przebiegu) – u ok. 30–40% chorych z guzem. Guzy mają zwykle lokalizację pozanadnerczową i fenotyp noradrenergiczny lub dopaminergiczny.
Penetracja jest niższa niż dawniej sądzono – wielu nosicieli nigdy nie zachoruje – ale choroba, jeśli wystąpi, bywa agresywna.
Znaczenie praktyczne
Nosicielstwo uzasadnia dożywotni nadzór: oznaczenia metoksykatecholamin (w tym 3-metoksytyraminy) oraz obrazowanie całego ciała (preferencyjnie MRI) co 2–3 lata od dzieciństwa, a także ocenę nerek.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Immunohistochemiczna utrata SDHB w guzie jest dobrym markerem zespołów SDHx i pomaga w interpretacji wariantów VUS.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Hereditary Paraganglioma-Pheochromocytoma Syndromes. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1548
- [2] Andrews KA, i wsp. Tumour risks and genotype–phenotype correlations associated with germline variants in succinate dehydrogenase subunit genes SDHB, SDHC and SDHD. J Med Genet. 2018. PMID: 29386252
- [3] Neumann HPH, Young WF Jr, Eng C. Pheochromocytoma and paraganglioma. N Engl J Med. 2019.
- [4] Astuti D, i wsp. Gene mutations in the succinate dehydrogenase subunit SDHB cause susceptibility to familial pheochromocytoma and to familial paraganglioma. Am J Hum Genet. 2001.
- [5] Amar L, i wsp. International consensus on initial screening and follow-up of asymptomatic SDHx mutation carriers. Nat Rev Endocrinol. 2021.
- [6] Dahia PL. Pheochromocytoma and paraganglioma pathogenesis: learning from genetic heterogeneity. Nat Rev Cancer. 2014.
Znaczenie genu
SDHD jest najczęstszą przyczyną dziedzicznych, mnogich przyzwojaków głowy i szyi (np. kłębka szyjnego). Charakterystyczny jest efekt pochodzenia rodzicielskiego: dziecko, które odziedziczyło wariant od matki, zwykle nie choruje, ale może przekazać wariant dalej – a jego dzieci (jeśli odziedziczą go od ojca) mogą zachorować. Powoduje to „przeskakiwanie pokoleń” w rodowodzie.
Ryzyko przerzutów jest niższe niż w SDHB.
Znaczenie praktyczne
U nosicieli, którzy odziedziczyli wariant od ojca – nadzór jak w SDHB (MRI głowy, szyi i ciała, metoksykatecholaminy). U nosicieli po matce nadzór jest przedmiotem indywidualnej decyzji (opisano rzadkie wyjątki).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Pochodzenie rodzicielskie wariantu musi być ustalone i opisane w wyniku/poradnictwie.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Hereditary Paraganglioma-Pheochromocytoma Syndromes. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1548
- [2] Andrews KA, i wsp. Tumour risks and genotype–phenotype correlations associated with germline variants in succinate dehydrogenase subunit genes SDHB, SDHC and SDHD. J Med Genet. 2018. PMID: 29386252
- [3] Baysal BE, i wsp. Mutations in SDHD, a mitochondrial complex II gene, in hereditary paraganglioma. Science. 2000.
- [4] Burnichon N, i wsp. Risk assessment of maternally inherited SDHD paraganglioma and phaeochromocytoma. J Med Genet. 2017.
- [5] Neumann HPH, Young WF Jr, Eng C. Pheochromocytoma and paraganglioma. N Engl J Med. 2019.
Znaczenie genu
Patogenne warianty SMAD4 są – obok BMPR1A – przyczyną zespołu polipowatości młodzieńczej (JPS). Polipy młodzieńcze (hamartomatyczne) występują w jelicie grubym i żołądku; w SMAD4 częstsza jest masywna polipowatość żołądka i rak żołądka.
U znacznej części nosicieli (w niektórych seriach u większości) występują cechy nakładającego się zespołu dziedzicznej naczyniakowatości krwotocznej (HHT) z ryzykiem krwawień oraz malformacji tętniczo-żylnych płuc i mózgu – co ma istotne konsekwencje niezależne od ryzyka nowotworowego.
Znaczenie praktyczne
Kolonoskopia i gastroskopia od ok. 12.–15. r.ż. (w odstępach 1–3 lat), a także badania w kierunku HHT (m.in. echokardiografia kontrastowa w kierunku przecieku płucnego, rozważenie MRI mózgu).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Ok. 15% przypadków JPS to duże delecje – wymagana analiza CNV.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): SMAD4 – JPS – definitywny.
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Juvenile Polyposis Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1469; PMID: 20301642
- [2] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [3] Syngal S, i wsp. ACG clinical guideline: genetic testing and management of hereditary gastrointestinal cancer syndromes. Am J Gastroenterol. 2015.
- [4] Howe JR, i wsp. Mutations in the SMAD4/DPC4 gene in juvenile polyposis. Science. 1998.
- [5] Gallione CJ, i wsp. A combined syndrome of juvenile polyposis and hereditary haemorrhagic telangiectasia associated with mutations in MADH4 (SMAD4). Lancet. 2004.
- [6] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
Znaczenie genu
Warianty STK11 powodują zespół Peutza-Jeghersa: polipy hamartomatyczne przewodu pokarmowego (głównie jelita cienkiego – ryzyko wgłobienia w dzieciństwie) oraz przebarwienia śluzówki jamy ustnej i warg.
Ryzyko nowotworów złośliwych jest bardzo wysokie i obejmuje wiele narządów; ryzyko raka piersi zbliża się do obserwowanego w BRCA1/2, a ryzyko raka trzustki jest jednym z najwyższych wśród zespołów dziedzicznych.
Znaczenie praktyczne
Nadzór obejmuje: endoskopię (gastroskopia, kolonoskopia, kapsułka/enteroskopia) od ok. 8. r.ż., nadzór piersi, trzustki (MRI/EUS od ok. 30.–35. r.ż.), narządów płciowych i jąder.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Część przypadków to duże delecje – wymagana analiza CNV.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen HBOC: STK11 – rak piersi – definitywny (w kontekście PJS).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Peutz-Jeghers Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1266; PMID: 20301443
- [2] Hearle N, i wsp. Frequency and spectrum of cancers in the Peutz-Jeghers syndrome. Clin Cancer Res. 2006. PMID: 16707622
- [3] Hemminki A, i wsp. A serine/threonine kinase gene defective in Peutz-Jeghers syndrome. Nature. 1998.
- [4] Wagner A, i wsp. The management of Peutz-Jeghers syndrome: European Hereditary Tumour Group (EHTG) guideline. J Clin Med. 2021.
- [5] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [6] Goggins M, i wsp. Management of patients with increased risk for familial pancreatic cancer: updated recommendations from the International Cancer of the Pancreas Screening (CAPS) Consortium. Gut. 2020.
Znaczenie genu
Zespół Li-Fraumeni (obecnie w terminologii europejskiej: „heritable TP53-related cancer syndrome”, hTP53rc) charakteryzuje się bardzo wysokim ryzykiem wielu nowotworów, często w dzieciństwie i młodości, oraz ryzykiem kolejnych nowotworów pierwotnych.
Wraz z upowszechnieniem paneli wykrywa się też nosicieli bez typowej historii rodzinnej – u nich ryzyko może być niższe. Warianty o osłabionej aktywności (np. p.Arg337His) mają mniejszą penetrację.
Znaczenie praktyczne
Nosicielstwo uzasadnia protokół nadzoru („Toronto protocol”), w tym coroczny rezonans całego ciała, MRI mózgu, MRI piersi od 20. r.ż., USG brzucha u dzieci. Należy unikać radioterapii, gdy to możliwe, oraz badań z promieniowaniem jonizującym.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Bardzo ważne: warianty TP53 w krwi o niskiej frakcji alleli (VAF) często wynikają z klonalnej hematopoezy (CHIP) lub z krążącego DNA guza, a nie z nosicielstwa germinalnego (Weitzel i wsp. 2018). Wynik z VAF wyraźnie <50% wymaga potwierdzenia w innej tkance (np. fibroblasty skóry).
Ze względu na ciężar wyniku zaleca się, by raport TP53 był zawsze omawiany w poradni genetycznej.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen HBOC: TP53 – rak piersi – definitywny; TP53 VCEP – dedykowane kryteria klasyfikacji wariantów.
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] Schneider K, i wsp. Li-Fraumeni Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1311
- [2] Frebourg T, i wsp. Guidelines for the Li–Fraumeni and heritable TP53-related cancer syndromes. Eur J Hum Genet. 2020. PMID: 32457520
- [3] Weitzel JN, i wsp. Somatic TP53 variants frequently confound germ-line testing results. Genet Med. 2018. PMID: 29189820
- [4] Kratz CP, i wsp. Cancer screening recommendations for individuals with Li-Fraumeni syndrome. Clin Cancer Res. 2017.
- [5] Bougeard G, i wsp. Revisiting Li-Fraumeni syndrome from TP53 mutation carriers. J Clin Oncol. 2015.
- [6] Villani A, i wsp. Biochemical and imaging surveillance in germline TP53 mutation carriers with Li-Fraumeni syndrome: 11 year follow-up of a prospective observational study. Lancet Oncol. 2016.
- [7] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
Znaczenie genu
Stwardnienie guzowate (TSC) jest chorobą wieloukładową z licznymi zmianami hamartomatycznymi. Warianty TSC1 stanowią ok. 20–25% przypadków z wykrytą przyczyną i zwykle dają łagodniejszy fenotyp niż TSC2.
Większość zmian jest łagodna, ale wymaga nadzoru ze względu na powikłania (padaczka, krwawienia z naczyniakomięśniakotłuszczaków, wodogłowie przy SEGA). Ryzyko raka nerki jest niewielkie (ok. 2–4%).
Znaczenie praktyczne
Opieka wg międzynarodowych zaleceń (Northrup i wsp. 2021): MRI mózgu, MRI nerek, ocena płuc u kobiet, EEG, ocena neurorozwojowa. Inhibitory mTOR (ewerolimus) są stosowane w SEGA, naczyniakomięśniakotłuszczakach i padaczce.
Informacje interpretacyjne i techniczne
W TSC umiarkowany odsetek chorych ma mozaikowatość lub warianty intronowe – ujemny wynik nie wyklucza choroby rozpoznanej klinicznie.
Warto rozważyć opisanie TSC1/TSC2 jako zespołów „głównie łagodnych guzów” – obecność w Grupie I (onkologicznej) bywa dla pacjenta myląca.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Northrup H, i wsp. Tuberous Sclerosis Complex. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1220
- [2] Northrup H, i wsp. Updated international tuberous sclerosis complex diagnostic criteria and surveillance and management recommendations. Pediatr Neurol. 2021. PMID: 34399110
- [3] van Slegtenhorst M, i wsp. Identification of the tuberous sclerosis gene TSC1 on chromosome 9q34. Science. 1997.
- [4] Henske EP, i wsp. Tuberous sclerosis complex. Nat Rev Dis Primers. 2016.
- [5] Curatolo P, Bombardieri R, Jozwiak S. Tuberous sclerosis. Lancet. 2008.
- [6] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Kidney Cancer (Renal Cell Cancer) (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Warianty TSC2 odpowiadają za ok. 70–80% przypadków stwardnienia guzowatego z wykrytą przyczyną i zwykle dają cięższy fenotyp niż TSC1. Delecje obejmujące sąsiednie geny TSC2 i PKD1 powodują zespół genów przyległych z wczesną wielotorbielowatością nerek.
Znaczenie onkologiczne ograniczone jest głównie do rzadkich raków nerki i nowotworów typu PEComa; większość zmian jest łagodna.
Znaczenie praktyczne
Jak w TSC1 (wielospecjalistyczny nadzór wg zaleceń 2021).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Duża część wariantów to zmiany wielkoskalowe lub splicingowe – wymagana analiza CNV.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Northrup H, i wsp. Tuberous Sclerosis Complex. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1220
- [2] Northrup H, i wsp. Updated international tuberous sclerosis complex diagnostic criteria and surveillance and management recommendations. Pediatr Neurol. 2021. PMID: 34399110
- [3] European Chromosome 16 Tuberous Sclerosis Consortium. Identification and characterization of the tuberous sclerosis gene on chromosome 16. Cell. 1993.
- [4] Henske EP, i wsp. Tuberous sclerosis complex. Nat Rev Dis Primers. 2016.
- [5] Curatolo P, Bombardieri R, Jozwiak S. Tuberous sclerosis. Lancet. 2008.
- [6] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Kidney Cancer (Renal Cell Cancer) (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Choroba von Hippla-Lindaua jest wielonarządowym zespołem z wysoką penetracją. Rak jasnokomórkowy nerki jest główną przyczyną zgonów; hemangioblastomy siatkówki i móżdżku są często pierwszymi objawami.
Istnieje wyraźna korelacja genotyp–fenotyp: typ 1 (głównie warianty skracające i delecje) – niskie ryzyko guza chromochłonnego; typ 2 (głównie warianty missense) – wysokie ryzyko guza chromochłonnego.
Znaczenie praktyczne
Nosicielstwo uzasadnia nadzór od wczesnego dzieciństwa (okulistyka od 1. r.ż., metoksykatecholaminy, MRI OUN i jamy brzusznej, audiologia). Od 2021 r. dostępny jest inhibitor HIF-2α (belzutifan) do leczenia guzów związanych z VHL.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Mozaikowatość jest częsta w przypadkach de novo.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Von Hippel-Lindau Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1463
- [2] Latif F, i wsp. Identification of the von Hippel-Lindau disease tumor suppressor gene. Science. 1993.
- [3] Rednam SP, i wsp. Von Hippel-Lindau and hereditary pheochromocytoma/paraganglioma syndromes: clinical features, genetics, and surveillance recommendations in childhood. Clin Cancer Res. 2017.
- [4] Jonasch E, i wsp. Belzutifan for renal cell carcinoma in von Hippel-Lindau disease. N Engl J Med. 2021.
- [5] Neumann HPH, Young WF Jr, Eng C. Pheochromocytoma and paraganglioma. N Engl J Med. 2019.
Znaczenie genu
Warianty WT1 odpowiadają za kilka zespołów o różnym obrazie: zespół Denysa-Drasha (ciężka nefropatia, zaburzenia rozwoju płci, wysokie ryzyko guza Wilmsa), zespół Frasiera (warianty w intronie 9 – nefropatia, ryzyko gonadoblastoma) oraz WAGR (delecja 11p13: guz Wilmsa, brak tęczówki, wady układu moczowo-płciowego, niepełnosprawność intelektualna). GeneReviews od niedawna ujmuje je wspólnie jako „WT1 disorder”.
Germinalne warianty WT1 wykrywa się u ok. 2–5% dzieci z pozornie izolowanym guzem Wilmsa – częściej przy guzach obustronnych i wczesnych.
Znaczenie praktyczne
U dzieci z wariantem P/LP zaleca się nadzór USG nerek co 3 miesiące do ok. 7. r.ż., monitorowanie funkcji nerek, a przy zaburzeniach rozwoju płci – ocenę gonad (ryzyko gonadoblastoma).
Informacje interpretacyjne i techniczne
WAGR wymaga badania CNV/mikromacierzy – sekwencjonowanie samego WT1 go nie wykryje.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] WT1 Disorder. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK556455
- [2] Wilms Tumor Predisposition. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1294; PMID: 20301471
- [3] Scott RH, i wsp. Surveillance for Wilms tumour in at-risk children: pragmatic recommendations for best practice. Arch Dis Child. 2006.
- [4] Kalish JM, i wsp. Surveillance recommendations for children with overgrowth syndromes and predisposition to Wilms tumors and hepatoblastoma. Clin Cancer Res. 2017.
- [5] Brodeur GM, i wsp. Pediatric cancer predisposition and surveillance: an overview, and a tribute to Alfred G. Knudson Jr (AACR Childhood Cancer Predisposition Workshop). Clin Cancer Res. 2017.
Znaczenie genu
Aktywujące warianty germinalne ALK są główną przyczyną rodzinnej neuroblastomy (ok. 75% rodzin z wieloma zachorowaniami). Guzy pojawiają się zwykle w niemowlęctwie i wczesnym dzieciństwie, często mnogie.
ALK ma też ogromne znaczenie somatyczne (fuzje ALK w raku płuca, chłoniaku anaplastycznym) – te zmiany nie mają związku z dziedziczeniem i nie powinny być mylone z wynikiem germinalnym.
Znaczenie praktyczne
U dzieci nosicieli zaleca się nadzór (USG jamy brzusznej, RTG/USG klatki piersiowej, katecholaminy w moczu) co 3 miesiące do 6. r.ż., a następnie rzadziej do 10. r.ż. Inhibitory ALK są opcją terapeutyczną.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Interpretacja wymaga oceny funkcjonalnej wariantu missense (tylko określone warianty w domenie kinazowej, np. R1275Q, są jednoznacznie aktywujące).
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] ALK-Related Neuroblastic Tumor Susceptibility. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK24599; PMID: 20301782
- [2] Mossé YP, i wsp. Identification of ALK as a major familial neuroblastoma predisposition gene. Nature. 2008. PMID: 18724359
- [3] Janoueix-Lerosey I, i wsp. Somatic and germline activating mutations of the ALK kinase receptor in neuroblastoma. Nature. 2008.
- [4] Kamihara J, i wsp. Retinoblastoma and neuroblastoma predisposition and surveillance. Clin Cancer Res. 2017.
- [5] Brodeur GM, i wsp. Pediatric cancer predisposition and surveillance: an overview, and a tribute to Alfred G. Knudson Jr (AACR Childhood Cancer Predisposition Workshop). Clin Cancer Res. 2017.
Znaczenie genu
Heterozygotyczne warianty skracające ATM wiążą się z około dwukrotnie zwiększonym ryzykiem raka piersi, co potwierdziły duże badania populacyjne (BCAC, CARRIERS). ATM jest też jednym z ważniejszych genów dziedzicznego raka trzustki i przerzutowego raka prostaty.
Niektóre warianty missense (np. c.7271T>G, p.Val2424Gly) mają wyższe ryzyko niż typowe warianty skracające. Warianty bialleliczne powodują ataksję-teleangiektazję – chorobę neurodegeneracyjną z niedoborem odporności i bardzo wysokim ryzykiem chłoniaków/białaczek.
Znaczenie praktyczne
U kobiet – nadzór piersi z MRI od ok. 30.–35. r.ż.; mastektomia redukująca ryzyko zwykle nie jest rekomendowana rutynowo (decyzja indywidualna). Rozważa się nadzór trzustki przy obciążonym wywiadzie. W leczeniu raka prostaty – możliwa kwalifikacja do inhibitorów PARP. Radioterapia u heterozygot jest co do zasady dopuszczalna; u chorych z A-T – przeciwwskazana.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Przy wykryciu ATM warto zapytać o nosicielstwo partnera (ryzyko A-T u potomstwa).
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen HBOC: ATM – rak piersi – definitywny.
Źródła i piśmiennictwo (8)
- [1] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [2] Ataxia-Telangiectasia. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK26468; PMID: 20301790
- [3] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [4] Hu C, i wsp. A population-based study of genes previously implicated in breast cancer (CARRIERS). N Engl J Med. 2021. PMID: 33471974
- [5] Renwick A, i wsp. ATM mutations that cause ataxia-telangiectasia are breast cancer susceptibility alleles. Nat Genet. 2006. PMID: 16832357
- [6] Hall MJ, i wsp. Germline pathogenic variants in the ataxia telangiectasia mutated (ATM) gene are associated with high and moderate risks for multiple cancers. Cancer Prev Res. 2021. PMID: 33509806
- [7] Pritchard CC, i wsp. Inherited DNA-repair gene mutations in men with metastatic prostate cancer. N Engl J Med. 2016. PMID: 27433846
- [8] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, Pancreatic, and Prostate (aktualna wersja).
Znaczenie genu
AXIN2 opisano w rodzinach, w których współwystępuje oligodoncja (wrodzony brak ≥6 zębów stałych) i polipowatość/rak jelita grubego – tzw. zespół oligodoncji i raka jelita grubego.
Liczba opisanych rodzin jest niewielka, a ryzyko nowotworowe nie zostało wiarygodnie oszacowane. Część wariantów wykrywanych w panelach to VUS.
Znaczenie praktyczne
Przy wariancie P/LP rozsądne jest postępowanie jak w osłabionej polipowatości (kolonoskopia w skróconych odstępach), szczególnie gdy występuje oligodoncja lub polipy w rodzinie.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Siła dowodów jest niższa niż sugeruje umieszczenie w Grupie II – proponujemy etykietę „umiarkowana” i rozważenie przeniesienia do Grupy IV przy kolejnej rewizji.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC, 2019): AXIN2 – siła dowodów niższa niż dla klasycznych genów polipowatości (do weryfikacji w aktualnej bazie).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [2] Lammi L, i wsp. Mutations in AXIN2 cause familial tooth agenesis and predispose to colorectal cancer. Am J Hum Genet. 2004. PMID: 15042511
- [3] Marvin ML, i wsp. AXIN2-associated autosomal dominant ectodermal dysplasia and neoplastic syndrome. Am J Med Genet A. 2011.
- [4] Familial colorectal cancer and tooth agenesis caused by an AXIN2 variant: how do we detect families with rare cancer predisposition syndromes? Fam Cancer. 2021. PMID: 34637023
- [5] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
Znaczenie genu
Badania populacyjne z 2021 r. (BCAC, CARRIERS) potwierdziły, że warianty skracające BARD1 zwiększają ryzyko raka piersi w stopniu umiarkowanym – około dwukrotnie, z silniejszym efektem dla raka potrójnie ujemnego.
Związek z rakiem jajnika nie został potwierdzony i nie powinien być przedstawiany pacjentom jako udowodniony.
Znaczenie praktyczne
Nadzór piersi z MRI rozważa się od ok. 40. r.ż. (wg NCCN); decyzje o zabiegach redukujących ryzyko – indywidualnie, na podstawie modeli ryzyka uwzględniających wywiad rodzinny.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen HBOC (Lee i wsp. 2019) – klasyfikacja BARD1 do weryfikacji w aktualnej bazie; dane populacyjne z 2021 r. wspierają umiarkowane ryzyko raka piersi.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [2] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [3] Hu C, i wsp. A population-based study of genes previously implicated in breast cancer (CARRIERS). N Engl J Med. 2021. PMID: 33471974
- [4] Suszynska M, Kozlowski P. Summary of BARD1 mutations and precise estimation of breast and ovarian cancer risks associated with the mutations. Genes (Basel). 2020.
- [5] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, Pancreatic, and Prostate (aktualna wersja).
Znaczenie genu
BMPR1A jest drugim (obok SMAD4) genem zespołu polipowatości młodzieńczej. W porównaniu z SMAD4 polipowatość żołądka jest rzadsza i nie występuje nakładanie z HHT.
Delecje obejmujące BMPR1A i sąsiedni PTEN mogą dawać ciężką polipowatość młodzieńczą wczesnodziecięcą.
Znaczenie praktyczne
Kolonoskopia od ok. 12.–15. r.ż. co 1–3 lata; gastroskopia wg zaleceń.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Wymagana analiza CNV.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): BMPR1A – JPS – definitywny. Siła dowodów odpowiada Grupie I; umieszczenie w Grupie II wynika z węższego spektrum narządowego.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Juvenile Polyposis Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1469; PMID: 20301642
- [2] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [3] Howe JR, i wsp. Germline mutations of the gene encoding bone morphogenetic protein receptor 1A in juvenile polyposis. Nat Genet. 2001. PMID: 11381269
- [4] Syngal S, i wsp. ACG clinical guideline: genetic testing and management of hereditary gastrointestinal cancer syndromes. Am J Gastroenterol. 2015.
- [5] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
Znaczenie genu
BRIP1 jest genem umiarkowanego ryzyka raka jajnika – ryzyko jest ok. 3–4-krotnie wyższe niż w populacji ogólnej, a zachorowania występują zwykle po menopauzie.
Duże badania populacyjne (BCAC 2021, CARRIERS 2021) nie potwierdziły istotnego związku z rakiem piersi. Pierwotny opis (sugerujący umiarkowane ryzyko raka piersi) jest obecnie uznawany za nieaktualny – w materiałach dla pacjentów nie należy przedstawiać BRIP1 jako genu raka piersi.
Znaczenie praktyczne
Zalecenia (ACMG 2025, NCCN) wskazują na rozważenie salpingo-owariektomii redukującej ryzyko w wieku ok. 45–50 lat. Nadzór piersi – wg wywiadu rodzinnego, bez odrębnych zaleceń wynikających z samego nosicielstwa.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen HBOC: BRIP1 – rak jajnika – silny/definitywny; BRIP1 – rak piersi – brak potwierdzenia (Limited/Disputed – do weryfikacji w aktualnej bazie).
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] ACMG Professional Practice and Guidelines Committee. Management of individuals with heterozygous germline pathogenic variants in RAD51C, RAD51D, and BRIP1: a clinical practice resource of the ACMG. Genet Med. 2025. PMID: 41070818
- [2] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [3] Rafnar T, i wsp. Mutations in BRIP1 confer high risk of ovarian cancer. Nat Genet. 2011. PMID: 21964575
- [4] Ramus SJ, i wsp. Germline mutations in the BRIP1, BARD1, PALB2, and NBN genes in women with ovarian cancer. J Natl Cancer Inst. 2015. PMID: 26315354
- [5] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [6] Hu C, i wsp. A population-based study of genes previously implicated in breast cancer (CARRIERS). N Engl J Med. 2021. PMID: 33471974
- [7] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, Pancreatic, and Prostate (aktualna wersja).
Znaczenie genu
Warianty CDC73 powodują zespół nadczynności przytarczyc z guzami szczęki (HPT-JT). Wyróżnia go wysokie ryzyko raka przytarczyc – bardzo rzadkiego nowotworu w populacji ogólnej. Warianty CDC73 wykrywa się także u części chorych z pozornie sporadycznym rakiem przytarczyc.
Nadczynność przytarczyc zwykle ujawnia się w późnym dzieciństwie lub u młodych dorosłych.
Znaczenie praktyczne
Nadzór wapnia i PTH od ok. 5.–10. r.ż., okresowe RTG pantomograficzne, USG/MRI nerek i ocena ginekologiczna. Przy operacji przytarczyc należy uwzględnić możliwość raka.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews). Siła dowodów odpowiada Grupie I.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] CDC73-Related Disorders. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK3789; PMID: 20301744
- [2] Carpten JD, i wsp. HRPT2, encoding parafibromin, is mutated in hyperparathyroidism-jaw tumor syndrome. Nat Genet. 2002.
- [3] Shattuck TM, i wsp. Somatic and germ-line mutations of the HRPT2 gene in sporadic parathyroid carcinoma. N Engl J Med. 2003.
- [4] van der Tuin K, i wsp. CDC73-related disorders: clinical manifestations and case detection in primary hyperparathyroidism. J Clin Endocrinol Metab. 2017.
- [5] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Endocrine and Neuroendocrine Neoplasias (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Germinalne warianty CDK4 w kodonie 24 (p.Arg24Cys, p.Arg24His) uniemożliwiają wiązanie inhibitora p16INK4a i dają fenotyp rodzinnego czerniaka nieodróżnialny od CDKN2A. Opisano je w kilkudziesięciu rodzinach na świecie – to bardzo rzadka przyczyna rodzinnego czerniaka.
W przeciwieństwie do CDKN2A nie ma przekonujących danych o zwiększonym ryzyku raka trzustki.
Znaczenie praktyczne
Postępowanie dermatologiczne jak w CDKN2A (dermatoskopia, mapowanie znamion, ochrona UV).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Istotne są niemal wyłącznie warianty w kodonie 24 – inne warianty wymagają bardzo ostrożnej interpretacji.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba uznany (GenoMEL); formalna kuracja ClinGen – do weryfikacji.
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] CDKN2A Cancer Predisposition. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. (rozdział z 2025 r.) NBK616232; PMID: 40674536
- [2] Zuo L, i wsp. Germline mutations in the p16INK4a binding domain of CDK4 in familial melanoma. Nat Genet. 1996. PMID: 8528263
- [3] Puntervoll HE, i wsp. Melanoma prone families with CDK4 germline mutation: phenotypic profile and associations with MC1R variants. J Med Genet. 2013. PMID: 23384855
- [4] Goldstein AM, i wsp. High-risk melanoma susceptibility genes and pancreatic cancer, neural system tumors, and uveal melanoma across GenoMEL. Cancer Res. 2006.
- [5] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
- [6] Leachman SA, i wsp. Identification, genetic testing, and management of hereditary melanoma. Cancer Metastasis Rev. 2017.
Znaczenie genu
Warianty CDKN1B powodują zespół MEN4 – rzadką fenokopię MEN1, rozpoznawaną u ok. 1–3% osób z fenotypem MEN1 bez wariantu w MEN1. Nadczynność przytarczyc pojawia się zwykle później niż w MEN1.
Liczba opisanych przypadków jest mała, więc penetracja i pełne spektrum nie są dobrze poznane.
Znaczenie praktyczne
Nadzór endokrynologiczny wzorowany na MEN1 (wapń, PTH, prolaktyna, IGF-1, obrazowanie), ustalany indywidualnie.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Proponujemy etykietę siły dowodów „umiarkowana” (rzadki zespół).
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba uznany (OMIM: MEN4); formalna kuracja ClinGen – do weryfikacji.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Multiple Endocrine Neoplasia Type 1. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1538
- [2] Pellegata NS, i wsp. Germ-line mutations in p27Kip1 cause a multiple endocrine neoplasia syndrome in rats and humans. Proc Natl Acad Sci USA. 2006. PMID: 17030811
- [3] Alrezk R, Hannah-Shmouni F, Stratakis CA. MEN4 and CDKN1B mutations: the latest of the MEN syndromes. Endocr Relat Cancer. 2017.
- [4] Thakker RV, i wsp. Clinical practice guidelines for multiple endocrine neoplasia type 1 (MEN1). J Clin Endocrinol Metab. 2012.
- [5] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Endocrine and Neuroendocrine Neoplasias (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
CHEK2 jest genem o szczególnym znaczeniu dla Polski. Polskie badania (Cybulski i wsp.) wykazały, że CHEK2 jest genem „wielonarządowym”: warianty założycielskie zwiększają ryzyko raka piersi, prostaty, tarczycy, nerki i jelita grubego. Do czterech powtarzalnych wariantów należą: warianty skracające c.1100delC, c.444+1G>A (IVS2+1G>A) i delecja egzonów 9–10 (del5395) oraz wariant missense c.470T>C (p.Ile157Thr).
Ryzyko jest wyraźnie zależne od typu wariantu: warianty skracające zwiększają ryzyko raka piersi ok. 2–3-krotnie (więcej przy chorobie w rodzinie), a I157T jedynie niewielko (ok. 1,3–1,5-krotnie). W materiałach dla pacjentów i w wynikach warianty te powinny być wyraźnie rozróżnione.
Znaczenie praktyczne
Przy wariantach skracających: nadzór piersi z MRI od ok. 30.–40. r.ż. (ACMG 2023), kolonoskopia wg wywiadu rodzinnego (zwykle od 40. r.ż.), czujność w kierunku raka prostaty i tarczycy. Przy I157T – postępowanie zależy głównie od wywiadu rodzinnego.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Region egzonów 10–14 ma pseudogeny – potrzebna walidacja wariantów (np. c.1100delC) i CNV (del5395) metodą ortogonalną.
Warianty CHEK2 o niskiej VAF mogą wynikać z klonalnej hematopoezy (CHIP).
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen: CHEK2 – predyspozycja nowotworowa związana z CHEK2 – definitywny (wg materiału źródłowego: 2024; potwierdzić datę kuracji).
Źródła i piśmiennictwo (8)
- [1] Cybulski C, i wsp. CHEK2 is a multiorgan cancer susceptibility gene. Am J Hum Genet. 2004. PMID: 15492928
- [2] Cybulski C, i wsp. Risk of breast cancer in women with a CHEK2 mutation with and without a family history of breast cancer. J Clin Oncol. 2011. PMID: 21876083
- [3] Hanson H, i wsp. Management of individuals with germline pathogenic/likely pathogenic variants in CHEK2: a clinical practice resource of the ACMG. Genet Med. 2023.
- [4] Cybulski C, i wsp. Cancer risks in first-degree relatives of CHEK2 mutation carriers: effects of mutation type and cancer site in proband. 2009. PMID: 19401704
- [5] CHEK2 founder variants and thyroid cancer risk. 2024. PMID: 38279823
- [6] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [7] Hu C, i wsp. A population-based study of genes previously implicated in breast cancer (CARRIERS). N Engl J Med. 2021. PMID: 33471974
- [8] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
Znaczenie genu
Zespół skórny CYLD (obejmujący dawne rozpoznania: zespół Brooke’a-Spieglera, rodzinną cylindromatozę i mnogie rodzinne trichoepithelioma) charakteryzuje się mnogimi guzami przydatków skóry, głównie na owłosionej skórze głowy („turban tumour”).
Zmiany są niemal zawsze łagodne, ale mogą być bardzo liczne i oszpecające; rzadko dochodzi do przemiany złośliwej.
Znaczenie praktyczne
Regularna kontrola dermatologiczna i leczenie chirurgiczne/laserowe; czujność w kierunku rzadkiej przemiany złośliwej i guzów ślinianek.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Umieszczenie w panelu onkologicznym jest zasadne, ale opis powinien jasno mówić, że zespół dotyczy głównie łagodnych guzów.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] CYLD Cutaneous Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK555820; PMID: 32298062
- [2] Bignell GR, i wsp. Identification of the familial cylindromatosis tumour-suppressor gene. Nat Genet. 2000. PMID: 10835629
- [3] Rajan N, Ashworth A. Inherited cylindromas: lessons from a rare tumour. Lancet Oncol. 2015.
- [4] Rajan N, i wsp. Tumor mapping in 2 large multigenerational families with CYLD mutations: implications for disease management and tumor induction. Arch Dermatol. 2009. PMID: 19917957
- [5] Genetic testing in CYLD cutaneous syndrome: an update. Appl Clin Genet. 2021.
Znaczenie genu
Germinalny wariant EGFR p.Thr790Met (T790M) opisano w rodzinach z rakiem płuca u osób niepalących. U nosicieli guzy często mają dodatkową somatyczną mutację aktywującą EGFR. Opisano także inne, bardzo rzadkie warianty germinalne (np. V843I, R776H).
Wykrycie T790M w badaniu guza (typowy mechanizm oporności na leczenie inhibitorami EGFR) nie oznacza nosicielstwa – dopiero obecność w krwi/tkance prawidłowej z VAF ok. 50% sugeruje wariant germinalny.
Znaczenie praktyczne
Nosiciele germinalnego T790M mogą odnieść korzyść z nadzoru płuc niskodawkowym TK (decyzja indywidualna, brak formalnych wytycznych) i bezwzględnego unikania palenia.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Proponujemy etykietę siły dowodów „umiarkowana” – dane pochodzą z nielicznych rodzin.
Klasyfikacja źródłowa: Brak pełnej kuracji ClinGen dla dziedzicznego raka płuca (do weryfikacji).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Bell DW, i wsp. Inherited susceptibility to lung cancer may be associated with the T790M drug resistance mutation in EGFR. Nat Genet. 2005. PMID: 16258541
- [2] Oxnard GR, i wsp. Screening for germline EGFR T790M mutations through lung cancer genotyping. J Thorac Oncol. 2012. PMID: 22588155
- [3] Gazdar A, i wsp. Hereditary lung cancer syndrome targets never smokers with germline EGFR gene T790M mutations. J Thorac Oncol. 2014.
- [4] Huang KL, i wsp. Pathogenic germline variants in 10,389 adult cancers. Cell. 2018.
- [5] EGFR-T790M is a rare lung cancer susceptibility allele with enhanced kinase activity. Cancer Res. 2007. PMID: 17510392
Znaczenie genu
Zespół dziedzicznej polipowatości mieszanej (HMPS) wynika z duplikacji ok. 40 kb powyżej genu GREM1 (obejmującej koniec genu SCG5), która prowadzi do ektopowej ekspresji GREM1 w nabłonku jelita. Duplikacja ta występuje głównie w rodzinach żydów aszkenazyjskich; opisano też rzadsze duplikacje obejmujące region regulatorowy.
Warianty punktowe w sekwencji kodującej GREM1 nie są uznaną przyczyną HMPS.
Znaczenie praktyczne
Kolonoskopia w skróconych odstępach (np. co 1–2 lata) od ok. 25.–30. r.ż.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Kluczowe ograniczenie techniczne: przyczynowa duplikacja leży poza sekwencją kodującą – panel wychwytujący tylko egzony może jej NIE wykryć. Należy to jasno opisać w dokumentacji testu (lub zapewnić dedykowaną analizę CNV regionu SCG5–GREM1).
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): GREM1 (duplikacja) – HMPS – ustalony.
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [2] Jaeger E, i wsp. Hereditary mixed polyposis syndrome is caused by a 40-kb upstream duplication that leads to increased and ectopic expression of the BMP antagonist GREM1. Nat Genet. 2012. PMID: 22561515
- [3] Rohlin A, i wsp. GREM1 and POLE variants in hereditary colorectal cancer syndromes. Genes Chromosomes Cancer. 2016.
- [4] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
- [5] Lieberman S, i wsp. Features of patients with hereditary mixed polyposis syndrome caused by duplication of GREM1 and implications for screening and surveillance. Gastroenterology. 2017.
- [6] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Colorectal Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Wariant c.251G>A (p.Gly84Glu, G84E) został zidentyfikowany w 2012 r. jako pierwszy wariant o umiarkowanym ryzyku dziedzicznego raka prostaty. Występuje głównie w populacjach Europy Północnej.
W Polsce G84E występuje u ok. 0,5% mężczyzn z populacji ogólnej i wiąże się z kilkukrotnym wzrostem ryzyka raka prostaty (Kluźniak i wsp. 2013). Polskie dane nie potwierdziły wzrostu ryzyka raka pęcherza ani nerki.
Znaczenie praktyczne
U nosicieli rozważa się wcześniejsze rozpoczęcie oznaczania PSA (ok. 40. r.ż.) i wspólne podejmowanie decyzji o nadzorze urologicznym (NCCN).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Uznany gen umiarkowanego ryzyka raka prostaty (NCCN).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Ewing CM, i wsp. Germline mutations in HOXB13 and prostate-cancer risk. N Engl J Med. 2012. PMID: 22236224
- [2] Kluźniak W, i wsp. The G84E mutation in the HOXB13 gene is associated with an increased risk of prostate cancer in Poland. Prostate. 2013. PMID: 23334858
- [3] G84E germline mutation in HOXB13 gene is associated with increased prostate cancer risk in Polish men. Pol J Pathol. 2019. PMID: 31556563
- [4] Pritchard CC, i wsp. Inherited DNA-repair gene mutations in men with metastatic prostate cancer. N Engl J Med. 2016. PMID: 27433846
- [5] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, Pancreatic, and Prostate (aktualna wersja).
- [6] Germline HOXB13 mutation p.G84E does not confer an increased bladder or kidney cancer risk in Polish population. Hered Cancer Clin Pract. 2021.
Znaczenie genu
Germinalne warianty HRAS (najczęściej p.Gly12Ser) powodują zespół Costello – rasopatię z charakterystycznymi rysami twarzy, wadami serca, opóźnieniem rozwoju i zmianami skórnymi.
Ryzyko nowotworów jest najwyższe we wczesnym dzieciństwie i dotyczy głównie rhabdomyosarcoma i neuroblastomy; u młodych dorosłych opisywano raka przejściowokomórkowego pęcherza.
Znaczenie praktyczne
U dzieci proponuje się nadzór USG jamy brzusznej i miednicy (np. co 3–6 miesięcy do 8.–10. r.ż.); dalsza opieka wielospecjalistyczna.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Wykrycie wariantu HRAS u dorosłego bez fenotypu Costello najpewniej oznacza zmianę somatyczną/mozaikowatość.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Gripp KW, Rauen KA. HRAS-Related Costello Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1507; PMID: 20301680
- [2] Aoki Y, i wsp. Germline mutations in HRAS proto-oncogene cause Costello syndrome. Nat Genet. 2005. PMID: 16170316
- [3] Kratz CP, i wsp. Cancer spectrum and frequency among children with Noonan, Costello, and cardio-facio-cutaneous syndromes. Br J Cancer. 2015.
- [4] Villani A, i wsp. Recommendations for cancer surveillance in individuals with RASopathies and other rare genetic conditions with increased cancer risk. Clin Cancer Res. 2017.
- [5] Zhang J, i wsp. Germline mutations in predisposition genes in pediatric cancer. N Engl J Med. 2015.
Znaczenie genu
Germinalne aktywujące warianty KIT są bardzo rzadką przyczyną rodzinnych, mnogich GIST, często z hiperpigmentacją skóry i rozlanym rozrostem komórek śródmiąższowych Cajala. Znanych jest kilkadziesiąt rodzin.
Zdecydowana większość GIST ma somatyczne (niedziedziczne) mutacje KIT – nie należy ich mylić z wynikiem germinalnym.
Znaczenie praktyczne
Nosiciele wymagają nadzoru endoskopowego i obrazowego przewodu pokarmowego; inhibitory kinaz (imatynib) są podstawą leczenia.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Rzadki zespół; formalna kuracja ClinGen – do weryfikacji.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Nishida T, i wsp. Familial gastrointestinal stromal tumours with germline mutation of the KIT gene. Nat Genet. 1998. PMID: 9697690
- [2] Postow MA, Robson ME. Inherited gastrointestinal stromal tumor syndromes: mutations, clinical features, and therapeutic implications. Clin Sarcoma Res. 2012.
- [3] Ricci R. Syndromic gastrointestinal stromal tumors. Hered Cancer Clin Pract. 2016.
- [4] Casali PG, i wsp. Gastrointestinal stromal tumours: ESMO–EURACAN–GENTURIS Clinical Practice Guidelines for diagnosis, treatment and follow-up. Ann Oncol. 2022.
- [5] Boikos SA, Stratakis CA. The genetic landscape of gastrointestinal stromal tumor lacking KIT and PDGFRA mutations. Endocrine. 2014.
Znaczenie genu
Warianty MAX odpowiadają za ok. 1% dziedzicznych PPGL; typowy jest obustronny lub mnogi guz chromochłonny nadnerczy. Opisywano efekt pochodzenia rodzicielskiego (choroba głównie po dziedziczeniu od ojca), podobnie jak w SDHD i SDHAF2 – nie jest on jednak tak jednoznaczny.
Ostatnio proponuje się pojęcie „MEN5” dla zespołu łączącego PPGL z gruczolakami przysadki i innymi guzami neuroendokrynnymi.
Znaczenie praktyczne
Nadzór jak w dziedzicznych PPGL (metoksykatecholaminy, obrazowanie) oraz ocena przysadki.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Oryginalny opis w materiale nie uwzględnia efektu ojcowskiego – dodano.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba uznany (GeneReviews PPGL).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Hereditary Paraganglioma-Pheochromocytoma Syndromes. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1548
- [2] Comino-Méndez I, i wsp. Exome sequencing identifies MAX mutations as a cause of hereditary pheochromocytoma. Nat Genet. 2011. PMID: 21685915
- [3] Burnichon N, i wsp. MAX mutations cause hereditary and sporadic pheochromocytoma and paraganglioma. Clin Cancer Res. 2012.
- [4] Neumann HPH, Young WF Jr, Eng C. Pheochromocytoma and paraganglioma. N Engl J Med. 2019.
- [5] Lenders JWM, i wsp. Genetics, diagnosis, management and future directions of research of phaeochromocytoma and paraganglioma: a position statement and consensus of the Working Group on Endocrine Hypertension of the European Society of Hypertension. J Hypertens. 2020.
Znaczenie genu
Aktywujące warianty germinalne MET powodują dziedzicznego raka brodawkowatego nerki (HPRC), charakteryzującego się licznymi, obustronnymi guzami, zwykle ujawniającymi się w 5.–6. dekadzie życia.
Zespół jest bardzo rzadki; większość zmian MET w onkologii (np. amplifikacje, pomijanie egzonu 14 w raku płuca) ma charakter somatyczny.
Znaczenie praktyczne
Nadzór nerek (MRI/TK) od ok. 30. r.ż.; strategia oszczędzająca miąższ („zasada 3 cm”). Inhibitory MET są przedmiotem badań i stosowania klinicznego.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Siła dowodów odpowiada Grupie I; umieszczenie w Grupie II wynika z wąskiego spektrum narządowego.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (NCI PDQ HPRC).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Schmidt L, i wsp. Germline and somatic mutations in the tyrosine kinase domain of the MET proto-oncogene in papillary renal carcinomas. Nat Genet. 1997. PMID: 9140397
- [2] Hereditary papillary renal carcinoma type I (przegląd). 2004. PMID: 15579033
- [3] Carlo MI, i wsp. Prevalence of germline mutations in cancer susceptibility genes in patients with advanced renal cell carcinoma. JAMA Oncol. 2018.
- [4] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Hereditary Papillary Renal Carcinoma (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute.
- [5] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Kidney Cancer (Renal Cell Cancer) (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Wariant c.952G>A (p.Glu318Lys, E318K) jest jedynym dobrze udokumentowanym wariantem MITF zwiększającym ryzyko czerniaka i raka nerki. Występuje w populacji europejskiej z częstością ok. 1–2 na 100–300 osób.
Nosiciele mają często liczne znamiona i niebieskie oczy; efekt jest umiarkowany i sumuje się z innymi czynnikami (fototyp, MC1R, ekspozycja UV).
Znaczenie praktyczne
Kontrola dermatologiczna i ochrona przed UV; ewentualny nadzór nerek wg wywiadu rodzinnego (brak formalnych wytycznych).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Inne warianty MITF (skracające) powodują zespół Waardenburga typu 2 i nie mają znaczenia dla predyspozycji nowotworowej.
Klasyfikacja źródłowa: Wariant-specyficzny związek (E318K) uznany w literaturze; brak formalnej kuracji ClinGen (do weryfikacji).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Bertolotto C, i wsp. A SUMOylation-defective MITF germline mutation predisposes to melanoma and renal carcinoma. Nature. 2011. PMID: 22012259
- [2] Yokoyama S, i wsp. A novel recurrent mutation in MITF predisposes to familial and sporadic melanoma. Nature. 2011.
- [3] Potrony M, i wsp. Update in genetic susceptibility in melanoma. Ann Transl Med. 2015.
- [4] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
- [5] Leachman SA, i wsp. Identification, genetic testing, and management of hereditary melanoma. Cancer Metastasis Rev. 2017.
Znaczenie genu
Germinalne warianty aktywujące PDGFRA („PDGFRA-mutant syndrome”, dawniej „intestinal neurofibromatosis”) są bardzo rzadką przyczyną rodzinnych GIST, zwykle o fenotypie nabłonkowatym, oraz mnogich włóknistych polipów zapalnych.
Somatyczne warianty PDGFRA (np. D842V) w GIST są częste i nie świadczą o dziedziczeniu.
Znaczenie praktyczne
Nadzór endoskopowy przewodu pokarmowego; wybór leczenia zależy od konkretnego wariantu (np. oporność D842V na imatynib, wrażliwość na awaprytynib).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Rzadki zespół; formalna kuracja ClinGen – do weryfikacji.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Chompret A, i wsp. PDGFRA germline mutation in a family with multiple cases of gastrointestinal stromal tumor. Gastroenterology. 2004. PMID: 14699510
- [2] Ricci R, i wsp. PDGFRA-mutant syndrome. Mod Pathol. 2015.
- [3] Postow MA, Robson ME. Inherited gastrointestinal stromal tumor syndromes: mutations, clinical features, and therapeutic implications. Clin Sarcoma Res. 2012.
- [4] Casali PG, i wsp. Gastrointestinal stromal tumours: ESMO–EURACAN–GENTURIS Clinical Practice Guidelines for diagnosis, treatment and follow-up. Ann Oncol. 2022.
- [5] Boikos SA, Stratakis CA. The genetic landscape of gastrointestinal stromal tumor lacking KIT and PDGFRA mutations. Endocrine. 2014.
Znaczenie genu
Warianty PHOX2B powodują wrodzony zespół ośrodkowej hipowentylacji (CCHS, „klątwa Ondyny”) – ok. 90% chorych ma ekspansję powtórzeń polialaniny (PARM). Ryzyko neuroblastomy jest wysokie głównie dla wariantów innych niż ekspansje (NPARM, np. zmiany ramki odczytu) i dla dłuższych ekspansji.
Warianty PHOX2B są drugą (po ALK) przyczyną rodzinnej neuroblastomy.
Znaczenie praktyczne
U dzieci z wariantami NPARM zaleca się nadzór onkologiczny (USG, RTG klatki piersiowej, katecholaminy) jak w ALK; opieka w CCHS obejmuje wentylację wspomaganą.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Ekspansje powtórzeń polialaniny mogą być niedokładnie wykrywane przez krótkie odczyty NGS – wymagana dedykowana metoda (analiza fragmentów).
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews CCHS).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Congenital Central Hypoventilation Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1427; PMID: 20301600
- [2] Mossé YP, i wsp. Germline PHOX2B mutation in hereditary neuroblastoma. Am J Hum Genet. 2004.
- [3] Trochet D, i wsp. Germline mutations of the paired-like homeobox 2B (PHOX2B) gene in neuroblastoma. Am J Hum Genet. 2004.
- [4] Kamihara J, i wsp. Retinoblastoma and neuroblastoma predisposition and surveillance. Clin Cancer Res. 2017.
- [5] Brodeur GM, i wsp. Pediatric cancer predisposition and surveillance: an overview, and a tribute to Alfred G. Knudson Jr (AACR Childhood Cancer Predisposition Workshop). Clin Cancer Res. 2017.
Znaczenie genu
Warianty w domenie egzonukleazowej POLD1 (np. p.Ser478Asn) powodują polipowatość związaną z zaburzeniem korekty polimerazy (PPAP). Guzy mają fenotyp „ultrazmutowany”.
U kobiet w porównaniu z POLE opisywano częstszy rak endometrium. Istotne są wyłącznie warianty w domenie egzonukleazowej – warianty w innych częściach genu nie powodują PPAP.
Znaczenie praktyczne
Kolonoskopia co 1–2 lata od ok. 20.–25. r.ż.; rozważenie nadzoru endometrium. Guzy mogą dobrze odpowiadać na immunoterapię.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): POLD1 – PPAP – ustalony/umiarkowany (do weryfikacji).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Palles C, i wsp. Germline mutations affecting the proofreading domains of POLE and POLD1 predispose to colorectal adenomas and carcinomas. Nat Genet. 2013.
- [2] Bellido F, i wsp. POLE and POLD1 mutations in 529 kindred with familial colorectal cancer and/or polyposis: review of reported cases and recommendations for genetic testing and surveillance. Genet Med. 2016. PMID: 26133394
- [3] Palles C, i wsp. The clinical features of polymerase proof-reading associated polyposis (PPAP) and recommendations for patient management. Fam Cancer. 2022.
- [4] Mur P, i wsp. Role of POLE and POLD1 in familial cancer. Genet Med. 2020.
- [5] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
Znaczenie genu
Warianty w domenie egzonukleazowej POLE (najczęściej p.Leu424Val) są główną przyczyną PPAP – polipowatości gruczolakowatej (zwykle kilkadziesiąt polipów) z wysokim ryzykiem raka jelita grubego w młodym wieku.
Guzy mają ogromną liczbę mutacji somatycznych (fenotyp ultrazmutowany) i często dobrze odpowiadają na inhibitory punktów kontrolnych. Somatyczne mutacje POLE w raku endometrium są częste i nie oznaczają dziedziczenia.
Znaczenie praktyczne
Kolonoskopia co 1–2 lata od ok. 18.–20. r.ż., gastroskopia/duodenoskopia od ok. 25. r.ż. (zalecenia Palles i wsp. 2022).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): POLE – PPAP – ustalony.
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Palles C, i wsp. Germline mutations affecting the proofreading domains of POLE and POLD1 predispose to colorectal adenomas and carcinomas. Nat Genet. 2013.
- [2] Bellido F, i wsp. POLE and POLD1 mutations in 529 kindred with familial colorectal cancer and/or polyposis. Genet Med. 2016. PMID: 26133394
- [3] Palles C, i wsp. The clinical features of polymerase proof-reading associated polyposis (PPAP) and recommendations for patient management. Fam Cancer. 2022.
- [4] Mur P, i wsp. Role of POLE and POLD1 in familial cancer. Genet Med. 2020.
- [5] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [6] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
Znaczenie genu
Warianty skracające POT1 prowadzą do nadmiernego wydłużania telomerów, co paradoksalnie zwiększa ryzyko nowotworów. Zespół predyspozycji nowotworowej POT1 obejmuje przede wszystkim czerniaka, CLL, glejaki i angiosarcoma.
Nowsze dane (m.in. 2023–2024) poszerzają spektrum i wskazują, że penetracja w kohortach panelowych jest niższa niż w pierwotnie opisanych rodzinach.
Znaczenie praktyczne
Kontrola dermatologiczna; pozostały nadzór (np. morfologia, obrazowanie) ustala się indywidualnie wg wywiadu rodzinnego i zaleceń GeneReviews.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews, 2020).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] POT1 Tumor Predisposition. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK563529; PMID: 33119245
- [2] Robles-Espinoza CD, i wsp. POT1 loss-of-function variants predispose to familial melanoma. Nat Genet. 2014. PMID: 24686849
- [3] Shi J, i wsp. Rare missense variants in POT1 predispose to familial cutaneous malignant melanoma. Nat Genet. 2014.
- [4] Henry ML, i wsp. POT1 tumour predisposition: a broader spectrum of associated malignancies and proposal for additional screening program. Eur J Hum Genet. 2024.
- [5] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
RAD51C jest genem umiarkowanego ryzyka raka jajnika (ok. 5-krotny wzrost) i raka piersi – szczególnie potrójnie ujemnego. Związek z rakiem piersi, dawniej niepewny, został potwierdzony w dużych badaniach 2020–2021.
Ryzyko raka jajnika rośnie głównie po 50. r.ż.
Znaczenie praktyczne
Zalecenia ACMG (2025) i NCCN: rozważenie salpingo-owariektomii redukującej ryzyko w wieku ok. 45–50 lat; nadzór piersi z MRI od ok. 40. r.ż. (wg modelu ryzyka). Guzy mogą odpowiadać na inhibitory PARP.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen HBOC: RAD51C – rak jajnika – ustalony; klasyfikacja dla raka piersi do weryfikacji w aktualnej bazie (dane 2020–2021 wspierają umiarkowane ryzyko).
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] ACMG Professional Practice and Guidelines Committee. Management of individuals with heterozygous germline pathogenic variants in RAD51C, RAD51D, and BRIP1: a clinical practice resource of the ACMG. Genet Med. 2025. PMID: 41070818
- [2] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [3] Meindl A, i wsp. Germline mutations in breast and ovarian cancer pedigrees establish RAD51C as a human cancer susceptibility gene. Nat Genet. 2010. PMID: 20400964
- [4] Yang X, i wsp. Ovarian and breast cancer risks associated with pathogenic variants in RAD51C and RAD51D. J Natl Cancer Inst. 2020.
- [5] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [6] Hu C, i wsp. A population-based study of genes previously implicated in breast cancer (CARRIERS). N Engl J Med. 2021. PMID: 33471974
- [7] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, Pancreatic, and Prostate (aktualna wersja).
Znaczenie genu
RAD51D, podobnie jak RAD51C, zwiększa ryzyko raka jajnika w stopniu umiarkowanym oraz ryzyko raka piersi – głównie potrójnie ujemnego.
Oryginalny opis w materiale ograniczał się do raka jajnika – obecne dane uzasadniają także wymienienie raka piersi.
Znaczenie praktyczne
Jak w RAD51C (ACMG 2025).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen HBOC: RAD51D – rak jajnika – ustalony; klasyfikacja dla raka piersi do weryfikacji w aktualnej bazie.
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] ACMG Professional Practice and Guidelines Committee. Management of individuals with heterozygous germline pathogenic variants in RAD51C, RAD51D, and BRIP1: a clinical practice resource of the ACMG. Genet Med. 2025. PMID: 41070818
- [2] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [3] Loveday C, i wsp. Germline mutations in RAD51D confer susceptibility to ovarian cancer. Nat Genet. 2011. PMID: 21822267
- [4] Yang X, i wsp. Ovarian and breast cancer risks associated with pathogenic variants in RAD51C and RAD51D. J Natl Cancer Inst. 2020.
- [5] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [6] Hu C, i wsp. A population-based study of genes previously implicated in breast cancer (CARRIERS). N Engl J Med. 2021. PMID: 33471974
Znaczenie genu
Zespół tylozy z rakiem przełyku (zespół Howel-Evansa) jest bardzo rzadki – opisano pojedyncze rodziny (m.in. brytyjskie, amerykańskie, fińskie). Rogowacenie dłoni i stóp pojawia się w dzieciństwie, a rak przełyku – w dorosłości, z bardzo wysoką penetracją.
Mimo rzadkości siła związku w opisanych rodzinach jest wysoka.
Znaczenie praktyczne
Coroczna endoskopia górnego odcinka przewodu pokarmowego od ok. 20. r.ż., unikanie tytoniu i alkoholu.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Patogenne są wyłącznie określone warianty missense w domenie N-końcowej; warianty skracające nie powodują zespołu.
Klasyfikacja źródłowa: Rzadki zespół; związek uznany (OMIM: TOC).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Blaydon DC, i wsp. RHBDF2 mutations are associated with tylosis, a familial esophageal cancer syndrome. Am J Hum Genet. 2012. PMID: 22265016
- [2] Analysis of a Finnish family confirms RHBDF2 mutations as the underlying factor in tylosis with esophageal cancer. 2012. PMID: 22638770
- [3] Ellis A, i wsp. Tylosis with squamous cell carcinoma of the oesophagus. Orphanet J Rare Dis. 2015.
- [4] Howel-Evans W, i wsp. Carcinoma of the oesophagus with keratosis palmaris et plantaris (tylosis): a study of two families. Q J Med. 1958.
- [5] RHBDF2-regulated growth factor signaling in a rare human disease, tylosis with esophageal cancer: what can we learn from murine models? 2018. PMID: 30022999
Znaczenie genu
RPS20 opisano w 2014 r. w fińskiej rodzinie z dziedzicznym rakiem jelita grubego o fenotypie „rodzinnego raka jelita typu X” (bez niedoboru MMR). Kolejne opisy dotyczyły pojedynczych rodzin.
Integrująca analiza z 2026 r. (ok. 9700 przypadków i 161 000 kontroli) poddaje w wątpliwość siłę tego związku. W świetle tych danych umieszczenie RPS20 w Grupie II jest zbyt wysokie.
Znaczenie praktyczne
Wynik P/LP nie powinien samodzielnie zmieniać postępowania – nadzór jelita grubego ustala się na podstawie wywiadu rodzinnego.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Rekomendacja: przenieść RPS20 do Grupy IV i zastosować etykietę „częściowa siła dowodów”.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): RPS20 – dowody ograniczone (do weryfikacji w aktualnej bazie).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Nieminen TT, i wsp. Germline mutation of RPS20, encoding a ribosomal protein, causes predisposition to hereditary nonpolyposis colorectal carcinoma without DNA mismatch repair deficiency. Gastroenterology. 2014. PMID: 24941021
- [2] RPS20 as a colorectal cancer predisposition gene: an integrated review of the literature and evaluation in 9738 cases and 161,403 controls. Fam Cancer. 2026. PMID: 42274899
- [3] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [4] Broderick P, i wsp. Validation of recently proposed colorectal cancer susceptibility gene variants in an analysis of families and patients – a systematic review. Gastroenterology. 2017.
- [5] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Colorectal Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Warianty SDHA wykrywa się stosunkowo często w panelach, ale penetracja jest niska – większość nosicieli nie zachoruje. W GIST typu „dzikiego” (bez mutacji KIT/PDGFRA) z utratą SDHB w IHC warianty SDHA są jedną z najczęstszych przyczyn germinalnych.
Utrata ekspresji SDHA w immunohistochemii guza jest pomocna w interpretacji wariantów.
Znaczenie praktyczne
Nadzór PPGL ustala się indywidualnie; u krewnych zdrowego probanda często stosuje się rzadszy nadzór niż w SDHB.
Informacje interpretacyjne i techniczne
SDHA ma pseudogeny (SDHAP1–3) – ryzyko fałszywych wyników NGS; wymagana walidacja ortogonalna.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba uznany (GeneReviews PPGL).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Hereditary Paraganglioma-Pheochromocytoma Syndromes. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1548
- [2] Burnichon N, i wsp. SDHA is a tumor suppressor gene causing paraganglioma. Hum Mol Genet. 2010. PMID: 20484225
- [3] van der Tuin K, i wsp. Clinical aspects of SDHA-related pheochromocytoma and paraganglioma: a nationwide study. J Clin Endocrinol Metab. 2018.
- [4] Neumann HPH, Young WF Jr, Eng C. Pheochromocytoma and paraganglioma. N Engl J Med. 2019.
- [5] Lenders JWM, i wsp. Genetics, diagnosis, management and future directions of research of phaeochromocytoma and paraganglioma: a position statement and consensus of the Working Group on Endocrine Hypertension of the European Society of Hypertension. J Hypertens. 2020.
Znaczenie genu
Warianty SDHAF2 są rzadką przyczyną rodzinnych przyzwojaków głowy i szyi, opisaną głównie w rodzinach holenderskich i hiszpańskich (wariant p.Gly78Arg).
Podobnie jak w SDHD choroba ujawnia się praktycznie tylko po odziedziczeniu wariantu od ojca – oryginalny opis w materiale tego nie uwzględniał.
Znaczenie praktyczne
Nadzór głowy i szyi (MRI) oraz metoksykatecholamin u nosicieli po ojcu.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Rzadki zespół; związek uznany (GeneReviews PPGL).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Hereditary Paraganglioma-Pheochromocytoma Syndromes. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1548
- [2] Hao HX, i wsp. SDH5, a gene required for flavination of succinate dehydrogenase, is mutated in paraganglioma. Science. 2009. PMID: 19628817
- [3] Kunst HP, i wsp. SDHAF2 (PGL2-SDH5) and hereditary head and neck paraganglioma. Clin Cancer Res. 2011.
- [4] Lenders JWM, i wsp. Genetics, diagnosis, management and future directions of research of phaeochromocytoma and paraganglioma: a position statement and consensus of the Working Group on Endocrine Hypertension of the European Society of Hypertension. J Hypertens. 2020.
- [5] Neumann HPH, Young WF Jr, Eng C. Pheochromocytoma and paraganglioma. N Engl J Med. 2019.
Znaczenie genu
Warianty SDHC dają głównie pojedyncze przyzwojaki głowy i szyi o łagodnym przebiegu. Rzadko występują guzy chromochłonne i przerzuty.
Szczególnym mechanizmem jest epimutacja – hipermetylacja promotora SDHC, odpowiedzialna za większość przypadków triady Carneya (GIST, przyzwojak, chrzęstniak płuca) i części GIST SDH-deficient. Epimutacja jest zwykle somatyczna/mozaikowa i nie jest wykrywana przez sekwencjonowanie.
Znaczenie praktyczne
Nadzór PPGL (MRI głowy/szyi i ciała, metoksykatecholaminy).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Epimutacja SDHC nie jest wykrywana w panelu NGS – przy GIST SDH-deficient bez wariantu germinalnego warto rozważyć analizę metylacji.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews PPGL).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Hereditary Paraganglioma-Pheochromocytoma Syndromes. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1548
- [2] Andrews KA, i wsp. Tumour risks and genotype–phenotype correlations associated with germline variants in succinate dehydrogenase subunit genes SDHB, SDHC and SDHD. J Med Genet. 2018. PMID: 29386252
- [3] Niemann S, Müller U. Mutations in SDHC cause autosomal dominant paraganglioma, type 3. Nat Genet. 2000.
- [4] Killian JK, i wsp. Recurrent epimutation of SDHC in gastrointestinal stromal tumors. Sci Transl Med. 2014.
- [5] The clinical phenotype of SDHC-associated hereditary paraganglioma syndrome (PGL3). 2014. PMID: 24758179
Znaczenie genu
Germinalne warianty SMARCA4 powodują zespół predyspozycji do guzów rabdoidalnych typu 2 (RTPS2). Najbardziej charakterystycznym nowotworem jest SCCOHT – bardzo agresywny rak jajnika u dziewcząt i młodych kobiet, u których ok. 40% przypadków ma podłoże germinalne.
U dzieci mogą występować atypowe guzy teratoidno-rabdoidalne OUN, choć rzadziej niż w SMARCB1.
Znaczenie praktyczne
U nosicielek omawia się profilaktyczną obustronną owariektomię po zakończeniu planów rozrodczych lub nadzór USG; u niemowląt – nadzór neurologiczny/MRI wg zaleceń AACR.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews RTPS).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Rhabdoid Tumor Predisposition Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK469816; PMID: 29215836
- [2] Witkowski L, i wsp. Germline and somatic SMARCA4 mutations characterize small cell carcinoma of the ovary, hypercalcemic type. Nat Genet. 2014. PMID: 24658002
- [3] Ramos P, i wsp. Small cell carcinoma of the ovary, hypercalcemic type, displays frequent inactivating germline and somatic mutations in SMARCA4. Nat Genet. 2014. PMID: 24658001
- [4] Foulkes WD, i wsp. Cancer surveillance in Gorlin syndrome and rhabdoid tumor predisposition syndrome. Clin Cancer Res. 2017.
- [5] Zhang J, i wsp. Germline mutations in predisposition genes in pediatric cancer. N Engl J Med. 2015.
Znaczenie genu
SMARCB1 odpowiada za dwa bardzo różne zespoły: (1) zespół predyspozycji do guzów rabdoidalnych typu 1 – skrajnie agresywne guzy u niemowląt, zwykle związane z wariantami skracającymi lub delecjami; (2) schwannomatozę związaną z SMARCB1 – mnogie, bolesne nerwiaki osłonkowe u dorosłych, zwykle przy wariantach hipomorficznych (np. w końcu 3′ genu).
Ta dwoistość wymaga starannego opisu wariantu i konsultacji genetycznej.
Znaczenie praktyczne
U niemowląt z RTPS1 – intensywny nadzór (MRI mózgu, USG jamy brzusznej) w pierwszych latach życia; w schwannomatozie – nadzór MRI i leczenie bólu.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Delecje całego genu (22q11.23) wymagają analizy CNV.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews RTPS i schwannomatoza).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Rhabdoid Tumor Predisposition Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK469816; PMID: 29215836
- [2] LZTR1- and SMARCB1-Related Schwannomatosis. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK487394; PMID: 29517885
- [3] Versteege I, i wsp. Truncating mutations of hSNF5/INI1 in aggressive paediatric cancer. Nature. 1998.
- [4] Hulsebos TJ, i wsp. Germline mutation of INI1/SMARCB1 in familial schwannomatosis. Am J Hum Genet. 2007. PMID: 17357086
- [5] Plotkin SR, i wsp. Updated diagnostic criteria and nomenclature for neurofibromatosis type 2 and schwannomatosis. Genet Med. 2022. PMID: 35674741
Znaczenie genu
Warianty SUFU zwiększają ryzyko rdzeniaka typu SHH u najmłodszych dzieci w znacznie większym stopniu niż warianty PTCH1. SUFU jest też uznaną przyczyną zespołu Gorlina (ok. 5% przypadków) – oryginalny opis w materiale tego nie wymieniał.
U dorosłych nosicieli typowe są mnogie oponiaki i raki podstawnokomórkowe.
Znaczenie praktyczne
U dzieci – MRI mózgu co 3–4 miesiące do ok. 3. r.ż., potem rzadziej do 5. r.ż.; u dorosłych – kontrola dermatologiczna i ewentualne MRI w kierunku oponiaków. Należy unikać radioterapii, gdy to możliwe.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Evans DG, Farndon PA. Nevoid Basal Cell Carcinoma Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1151
- [2] Taylor MD, i wsp. Mutations in SUFU predispose to medulloblastoma. Nat Genet. 2002. PMID: 12068298
- [3] Smith MJ, i wsp. Germline mutations in SUFU cause Gorlin syndrome-associated childhood medulloblastoma and redefine the risk associated with PTCH1 mutations. J Clin Oncol. 2014. PMID: 25403219
- [4] Guerrini-Rousseau L, i wsp. Germline SUFU mutation carriers and medulloblastoma: clinical characteristics, cancer risk, and prognosis. Neuro Oncol. 2018.
- [5] Brodeur GM, i wsp. Pediatric cancer predisposition and surveillance: an overview, and a tribute to Alfred G. Knudson Jr (AACR Childhood Cancer Predisposition Workshop). Clin Cancer Res. 2017.
Znaczenie genu
Warianty TMEM127 odpowiadają za ok. 1–2% dziedzicznych PPGL, głównie guzów chromochłonnych nadnerczy o łagodnym przebiegu i późniejszym początku niż w innych zespołach.
Ryzyko przerzutów jest niskie.
Znaczenie praktyczne
Nadzór metoksykatecholamin i obrazowanie nadnerczy; ewentualnie nerek.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba uznany (GeneReviews PPGL).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Hereditary Paraganglioma-Pheochromocytoma Syndromes. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1548
- [2] Qin Y, i wsp. Germline mutations in TMEM127 confer susceptibility to pheochromocytoma. Nat Genet. 2010. PMID: 20154675
- [3] Armaiz-Pena G, i wsp. Genotype-phenotype features of germline variants of the TMEM127 pheochromocytoma susceptibility gene: a 10-year update. J Clin Endocrinol Metab. 2021.
- [4] Neumann HPH, Young WF Jr, Eng C. Pheochromocytoma and paraganglioma. N Engl J Med. 2019.
- [5] Lenders JWM, i wsp. Genetics, diagnosis, management and future directions of research of phaeochromocytoma and paraganglioma: a position statement and consensus of the Working Group on Endocrine Hypertension of the European Society of Hypertension. J Hypertens. 2020.
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty BLM powodują zespół Blooma: niedobór wzrostu od okresu płodowego, nadwrażliwość skóry na słońce, niedobór odporności oraz bardzo wysokie ryzyko wielu nowotworów, często mnogich i już w dzieciństwie. Charakterystyczny jest wzrost wymian chromatyd siostrzanych w badaniu cytogenetycznym.
Wpływ pojedynczego wariantu na ryzyko raka jest niejednoznaczny. Wariant słowiański c.1642C>T (p.Gln548Ter) był wiązany z rakiem piersi w badaniach rosyjskich, ale duże badania populacyjne nie potwierdziły istotnego efektu dla heterozygot. W Polsce opisano przypadki bezobjawowego zespołu Blooma rozpoznanego przypadkowo u chorej na raka piersi.
Znaczenie praktyczne
U heterozygot wynik ma znaczenie przede wszystkim rozrodcze (badanie partnera). Samo nosicielstwo nie uzasadnia odrębnego nadzoru onkologicznego.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Przy wykryciu dwóch wariantów (lub homozygoty) konieczna jest pilna konsultacja genetyczna – w zespole Blooma należy unikać promieniowania i ograniczać dawki chemioterapii.
Klasyfikacja źródłowa: Zespół Blooma – związek ustalony (GeneReviews). Heterozygotyczna predyspozycja do raka piersi – w trakcie weryfikacji (BCAC/CARRIERS).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Flanagan M, Cunniff CM. Bloom Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1398
- [2] Ellis NA, i wsp. The Bloom’s syndrome gene product is homologous to RecQ helicases. Cell. 1995. PMID: 7585968
- [3] Sokolenko AP, i wsp. High prevalence and breast cancer predisposing role of the BLM c.1642 C>T (Q548X) mutation in Russia. Int J Cancer. 2012. PMID: 21815139
- [4] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [5] Hu C, i wsp. A population-based study of genes previously implicated in breast cancer (CARRIERS). N Engl J Med. 2021. PMID: 33471974
- [6] Cunniff C, i wsp. Bloom’s syndrome: clinical spectrum, molecular pathogenesis, and cancer predisposition. Mol Syndromol. 2017.
Znaczenie genu
Warianty CDKN1C odpowiadają za ok. 5% przypadków zespołu Beckwitha-Wiedemanna (BWS), a w rodzinnych przypadkach BWS – nawet za 40%. Zdecydowana większość BWS wynika jednak ze zmian epigenetycznych regionu 11p15 (np. utrata metylacji IC2, jednorodzicielska disomia ojcowska), których sekwencjonowanie nie wykrywa.
Ryzyko nowotworów w BWS zależy od mechanizmu molekularnego: najwyższe przy disomii ojcowskiej i zyskach metylacji IC1 (guz Wilmsa, hepatoblastoma), a przy wariantach CDKN1C niskie – głównie neuroblastoma. Oryginalny opis w materiale sugerował ryzyko guza Wilmsa, które przy CDKN1C jest w praktyce niewielkie.
Znaczenie praktyczne
Nadzór onkologiczny w BWS jest dostosowany do mechanizmu (zalecenia międzynarodowego konsensusu 2018). Wariant odziedziczony od ojca zwykle nie daje objawów, ale może ujawnić się u potomstwa córki.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Kluczowe ograniczenie: panel sekwencjonowania nie diagnozuje większości przypadków BWS – przy podejrzeniu klinicznym potrzebna jest analiza metylacji 11p15 (MS-MLPA).
Warianty zwiększające funkcję CDKN1C powodują odrębne zespoły z niedoborem wzrostu (IMAGe, Silver-Russell).
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews BWS).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Shuman C, Kalish JM, Weksberg R. Beckwith-Wiedemann Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1394; PMID: 20301568
- [2] Hatada I, i wsp. An imprinted gene p57KIP2 is mutated in Beckwith-Wiedemann syndrome. Nat Genet. 1996. PMID: 8841187
- [3] Brioude F, i wsp. Expert consensus document: clinical and molecular diagnosis, screening and management of Beckwith-Wiedemann syndrome: an international consensus statement. Nat Rev Endocrinol. 2018.
- [4] Kalish JM, i wsp. Surveillance recommendations for children with overgrowth syndromes and predisposition to Wilms tumors and hepatoblastoma. Clin Cancer Res. 2017.
- [5] Brodeur GM, i wsp. Pediatric cancer predisposition and surveillance: an overview, and a tribute to Alfred G. Knudson Jr (AACR Childhood Cancer Predisposition Workshop). Clin Cancer Res. 2017.
Znaczenie genu
CFTR jest przede wszystkim genem mukowiscydozy. W panelu onkologicznym obecność CFTR wynika z roli w przewlekłym zapaleniu trzustki, które jest czynnikiem ryzyka raka trzustki. Heterozygotyczne nosicielstwo (np. F508del) występuje w Polsce u ok. 1 na 25–30 osób i samo w sobie tylko nieznacznie zwiększa ryzyko raka trzustki.
Odrębną kwestią jest wyraźnie zwiększone ryzyko raka jelita grubego u chorych na mukowiscydozę (zwłaszcza po przeszczepie narządu) – dotyczy to osób z dwoma wariantami, nie nosicieli.
Znaczenie praktyczne
U nosiciela pojedynczego wariantu wynik ma przede wszystkim znaczenie rozrodcze (badanie partnera). Przy przewlekłym zapaleniu trzustki – opieka gastroenterologiczna. U dorosłych chorych na mukowiscydozę zaleca się wcześniejszą kolonoskopię (od ok. 40. r.ż.).
Informacje interpretacyjne i techniczne
W materiałach dla pacjentów nie należy przedstawiać CFTR jako „genu raka trzustki”.
Warianty o zmiennej penetracji (np. poli-T/TG w intronie 9, R117H) wymagają interpretacji w kontekście.
Klasyfikacja źródłowa: Mukowiscydoza – związek ustalony; rak trzustki – związek pośredni, niepotwierdzony jako monogenowy.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Pancreatitis Overview. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK190101
- [2] McWilliams RR, i wsp. Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) gene mutations and risk for pancreatic adenocarcinoma. Cancer. 2010.
- [3] Cohn JA, i wsp. Relation between mutations of the cystic fibrosis gene and idiopathic pancreatitis. N Engl J Med. 1998.
- [4] Hadjiliadis D, i wsp. Cystic fibrosis colorectal cancer screening consensus recommendations. Gastroenterology. 2018.
- [5] Goggins M, i wsp. Management of patients with increased risk for familial pancreatic cancer: updated recommendations from the International Cancer of the Pancreas Screening (CAPS) Consortium. Gut. 2020.
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty DDB2 powodują xeroderma pigmentosum grupy E – postać o stosunkowo łagodnym przebiegu: bez ostrych oparzeń słonecznych i bez objawów neurologicznych, ale z wyraźnie zwiększonym ryzykiem nowotworów skóry, często rozpoznawana dopiero w dorosłości.
Heterozygotyczne nosicielstwo nie wiąże się z udokumentowanym wzrostem ryzyka nowotworów.
Znaczenie praktyczne
W XP-E – ścisła fotoprotekcja, regularna kontrola dermatologiczna i okulistyczna. U heterozygot – znaczenie rozrodcze.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek z XP ustalony (GeneReviews XP).
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] Kraemer KH, DiGiovanna JJ. Xeroderma Pigmentosum. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1397
- [2] DiGiovanna JJ, Kraemer KH. Shining a light on xeroderma pigmentosum. J Invest Dermatol. 2012.
- [3] Fassihi H, i wsp. Deep phenotyping of 89 xeroderma pigmentosum patients reveals unexpected heterogeneity dependent on the precise molecular defect. Proc Natl Acad Sci USA. 2016.
- [4] Kraemer KH, Lee MM, Scotto J. Xeroderma pigmentosum. Cutaneous, ocular, and neurologic abnormalities in 830 published cases. Arch Dermatol. 1987.
- [5] Nichols AF, i wsp. Mutations specific to the xeroderma pigmentosum group E Ddb- phenotype. J Biol Chem. 1996.
- [6] Lehmann AR, McGibbon D, Stefanini M. Xeroderma pigmentosum. Orphanet J Rare Dis. 2011.
- [7] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty DIS3L2 (często duże delecje) powodują zespół Perlmana – rzadki zespół nadmiernego wzrostu z wadami nerek, wysoką śmiertelnością noworodkową i bardzo wysokim ryzykiem guza Wilmsa u dzieci, które przeżyją okres niemowlęcy.
Heterozygoty nie mają udowodnionego zwiększonego ryzyka nowotworów.
Znaczenie praktyczne
U dzieci z zespołem Perlmana – nadzór USG nerek co 3 miesiące do ok. 7. r.ż.; u heterozygot – poradnictwo rozrodcze.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Wymagana analiza CNV (częste delecje egzonowe).
Klasyfikacja źródłowa: Związek z zespołem Perlmana ustalony (OMIM).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Wilms Tumor Predisposition. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1294; PMID: 20301471
- [2] Astuti D, i wsp. Germline mutations in DIS3L2 cause the Perlman syndrome of overgrowth and Wilms tumor susceptibility. Nat Genet. 2012. PMID: 22306653
- [3] Morris MR, i wsp. Perlman syndrome: overgrowth, Wilms tumor predisposition and DIS3L2. Am J Med Genet C Semin Med Genet. 2013.
- [4] Kalish JM, i wsp. Surveillance recommendations for children with overgrowth syndromes and predisposition to Wilms tumors and hepatoblastoma. Clin Cancer Res. 2017.
- [5] Brodeur GM, i wsp. Pediatric cancer predisposition and surveillance: an overview, and a tribute to Alfred G. Knudson Jr (AACR Childhood Cancer Predisposition Workshop). Clin Cancer Res. 2017.
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty ERCC2 powodują xeroderma pigmentosum grupy D, a w zależności od konkretnego wariantu także trichotiodystrofię (TTD) lub nakładanie XP/zespół Cockayne’a. W TTD – mimo defektu naprawy – nie obserwuje się zwiększonego ryzyka raka.
W XP-D często występują postępujące objawy neurologiczne.
Znaczenie praktyczne
W XP – bezwzględna fotoprotekcja od urodzenia, kontrole dermatologiczne co 3–6 miesięcy, okulistyczne i neurologiczne. U heterozygot – znaczenie rozrodcze.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Fenotyp (XP vs TTD) zależy od konkretnego wariantu – interpretacja wymaga ekspertyzy.
Klasyfikacja źródłowa: Związek z XP ustalony (GeneReviews XP).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Kraemer KH, DiGiovanna JJ. Xeroderma Pigmentosum. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1397
- [2] DiGiovanna JJ, Kraemer KH. Shining a light on xeroderma pigmentosum. J Invest Dermatol. 2012.
- [3] Fassihi H, i wsp. Deep phenotyping of 89 xeroderma pigmentosum patients reveals unexpected heterogeneity dependent on the precise molecular defect. Proc Natl Acad Sci USA. 2016.
- [4] Kraemer KH, Lee MM, Scotto J. Xeroderma pigmentosum. Cutaneous, ocular, and neurologic abnormalities in 830 published cases. Arch Dermatol. 1987.
- [5] Lehmann AR, McGibbon D, Stefanini M. Xeroderma pigmentosum. Orphanet J Rare Dis. 2011.
- [6] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty ERCC3 są jedną z najrzadszych przyczyn xeroderma pigmentosum (grupa B, często z objawami zespołu Cockayne’a) oraz trichotiodystrofii.
Wariant skracający c.325C>T (p.Arg109Ter), częsty wśród osób pochodzenia aszkenazyjskiego, wiązano z umiarkowanym ryzykiem raka piersi (Vijai i wsp. 2016), ale duże badania populacyjne nie potwierdziły ERCC3 jako genu raka piersi.
Znaczenie praktyczne
U heterozygot – brak odrębnych zaleceń nadzoru; znaczenie rozrodcze. W XP – jak w innych grupach XP.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek z XP ustalony; związek heterozygot z rakiem piersi – niepotwierdzony.
Źródła i piśmiennictwo (8)
- [1] Kraemer KH, DiGiovanna JJ. Xeroderma Pigmentosum. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1397
- [2] DiGiovanna JJ, Kraemer KH. Shining a light on xeroderma pigmentosum. J Invest Dermatol. 2012.
- [3] Fassihi H, i wsp. Deep phenotyping of 89 xeroderma pigmentosum patients reveals unexpected heterogeneity dependent on the precise molecular defect. Proc Natl Acad Sci USA. 2016.
- [4] Kraemer KH, Lee MM, Scotto J. Xeroderma pigmentosum. Cutaneous, ocular, and neurologic abnormalities in 830 published cases. Arch Dermatol. 1987.
- [5] Vijai J, i wsp. A recurrent ERCC3 truncating mutation confers moderate risk for breast cancer. Cancer Discov. 2016. PMID: 27655433
- [6] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [7] Lehmann AR, McGibbon D, Stefanini M. Xeroderma pigmentosum. Orphanet J Rare Dis. 2011.
- [8] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty ERCC4 powodują xeroderma pigmentosum grupy F – zwykle o łagodniejszym przebiegu skórnym – a niektóre warianty prowadzą do niedokrwistości Fanconiego (FANCQ) lub zespołu XFE (progeria). Oryginalny opis w materiale nie wymieniał związku z niedokrwistością Fanconiego.
U heterozygot nie wykazano istotnego wzrostu ryzyka nowotworów.
Znaczenie praktyczne
W XP – fotoprotekcja i nadzór dermatologiczny; w FA – opieka hematologiczna. U heterozygot – znaczenie rozrodcze.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek z XP i FA ustalony.
Źródła i piśmiennictwo (8)
- [1] Kraemer KH, DiGiovanna JJ. Xeroderma Pigmentosum. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1397
- [2] DiGiovanna JJ, Kraemer KH. Shining a light on xeroderma pigmentosum. J Invest Dermatol. 2012.
- [3] Fassihi H, i wsp. Deep phenotyping of 89 xeroderma pigmentosum patients reveals unexpected heterogeneity dependent on the precise molecular defect. Proc Natl Acad Sci USA. 2016.
- [4] Kraemer KH, Lee MM, Scotto J. Xeroderma pigmentosum. Cutaneous, ocular, and neurologic abnormalities in 830 published cases. Arch Dermatol. 1987.
- [5] Bogliolo M, i wsp. Mutations in ERCC4, encoding the DNA-repair endonuclease XPF, cause Fanconi anemia. Am J Hum Genet. 2013.
- [6] Fanconi Anemia. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1401; PMID: 20301575
- [7] Lehmann AR, McGibbon D, Stefanini M. Xeroderma pigmentosum. Orphanet J Rare Dis. 2011.
- [8] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty ERCC5 powodują xeroderma pigmentosum grupy G. Ciężkość zależy od wariantu – od łagodnej postaci skórnej po zespół XP/CS z ciężkim zaburzeniem rozwoju.
Heterozygoty nie mają udokumentowanego zwiększonego ryzyka nowotworów.
Znaczenie praktyczne
Jak w innych grupach XP; u heterozygot – znaczenie rozrodcze.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek z XP ustalony (GeneReviews XP).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Kraemer KH, DiGiovanna JJ. Xeroderma Pigmentosum. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1397
- [2] DiGiovanna JJ, Kraemer KH. Shining a light on xeroderma pigmentosum. J Invest Dermatol. 2012.
- [3] Fassihi H, i wsp. Deep phenotyping of 89 xeroderma pigmentosum patients reveals unexpected heterogeneity dependent on the precise molecular defect. Proc Natl Acad Sci USA. 2016.
- [4] Kraemer KH, Lee MM, Scotto J. Xeroderma pigmentosum. Cutaneous, ocular, and neurologic abnormalities in 830 published cases. Arch Dermatol. 1987.
- [5] Lehmann AR, McGibbon D, Stefanini M. Xeroderma pigmentosum. Orphanet J Rare Dis. 2011.
- [6] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Warianty EXT1 odpowiadają za ok. 65% przypadków dziedzicznych mnogich wyrośli kostnych (HMO). Wyrośla pojawiają się w dzieciństwie, przestają rosnąć wraz z zakończeniem wzrostu i mogą powodować deformacje, ból oraz ograniczenia ruchomości.
Najważniejszym ryzykiem onkologicznym jest przemiana wyrośli w chrzęstniakomięsaka, zwykle w dorosłości – sygnałem alarmowym jest wzrost lub ból zmiany po zakończeniu wzrastania.
Znaczenie praktyczne
Opieka ortopedyczna; edukacja pacjenta dotycząca objawów przemiany złośliwej; rozważenie okresowego MRI zmian miednicy i łopatki (trudnych do oceny klinicznie).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Część przypadków to delecje – wymagana analiza CNV.
Nagłówek Grupy III („recesywne lub pośrednie”) nie opisuje trafnie EXT1/EXT2 – proponujemy dopisek „rzadkie zespoły o niskim ryzyku złośliwym”.
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews HMO).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Hereditary Multiple Osteochondromas. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1235
- [2] Ahn J, i wsp. Cloning of the putative tumour suppressor gene for hereditary multiple exostoses (EXT1). Nat Genet. 1995.
- [3] Czajka CM, DiCaprio MR. What is the proportion of patients with multiple hereditary exostoses who undergo malignant degeneration? Clin Orthop Relat Res. 2015.
- [4] Pedrini E, i wsp. Genotype-phenotype correlation study in 529 patients with multiple hereditary exostoses. J Bone Joint Surg Am. 2011.
- [5] Bovée JV. Multiple osteochondromas. Orphanet J Rare Dis. 2008.
Znaczenie genu
Warianty EXT2 odpowiadają za ok. 30% przypadków HMO. Fenotyp jest zwykle łagodniejszy niż w EXT1 (mniej wyrośli, mniejsze deformacje), a ryzyko przemiany w chrzęstniakomięsaka – niższe.
Przemiana złośliwa występuje głównie w wyroślach tułowia i obręczy (miednica, łopatka).
Znaczenie praktyczne
Jak w EXT1.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek gen–choroba ustalony (GeneReviews HMO).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Hereditary Multiple Osteochondromas. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1235
- [2] Stickens D, i wsp. The EXT2 multiple exostoses gene defines a family of putative tumour suppressor genes. Nat Genet. 1996.
- [3] Pedrini E, i wsp. Genotype-phenotype correlation study in 529 patients with multiple hereditary exostoses. J Bone Joint Surg Am. 2011.
- [4] Bovée JV. Multiple osteochondromas. Orphanet J Rare Dis. 2008.
- [5] Czajka CM, DiCaprio MR. What is the proportion of patients with multiple hereditary exostoses who undergo malignant degeneration? Clin Orthop Relat Res. 2015.
Znaczenie genu
Warianty FANCA odpowiadają za ok. 60–70% przypadków niedokrwistości Fanconiego (FA) – choroby z postępującą niewydolnością szpiku, wadami wrodzonymi i bardzo wysokim ryzykiem nowotworów. Częste są duże delecje.
Heterozygotyczne nosicielstwo FANCA nie jest uznanym czynnikiem ryzyka raka piersi czy jajnika.
Znaczenie praktyczne
U heterozygot – znaczenie rozrodcze (badanie partnera). W FA – opieka w ośrodku referencyjnym (przeszczep szpiku, nadzór płaskonabłonkowych nowotworów jamy ustnej i narządów płciowych, szczepienie HPV, unikanie alkoholu i tytoniu).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Wymagana analiza CNV (duże delecje stanowią istotny odsetek wariantów FANCA).
Klasyfikacja źródłowa: FA – związek ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Fanconi Anemia. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1401; PMID: 20301575
- [2] Alter BP. Fanconi anemia and the development of leukemia. Best Pract Res Clin Haematol. 2014.
- [3] Kutler DI, i wsp. A 20-year perspective on the International Fanconi Anemia Registry (IFAR). Blood. 2003.
- [4] Rosenberg PS, Greene MH, Alter BP. Cancer incidence in persons with Fanconi anemia. Blood. 2003.
- [5] Levran O, i wsp. Spectrum of sequence variations in the FANCA gene: an International Fanconi Anemia Registry (IFAR) study. Hum Mutat. 2005.
- [6] Fanconi Anemia Research Fund. Fanconi Anemia Clinical Care Guidelines. 5th ed. 2020.
Znaczenie genu
FANCC jest jednym z częstszych genów FA (ok. 10–15% przypadków), z wariantami założycielskimi w niektórych populacjach (np. c.456+4A>T u osób pochodzenia aszkenazyjskiego).
Sugerowany związek heterozygot z rakiem piersi lub trzustki nie został potwierdzony w dużych badaniach.
Znaczenie praktyczne
Jak w FANCA.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: FA – związek ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Fanconi Anemia. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1401; PMID: 20301575
- [2] Alter BP. Fanconi anemia and the development of leukemia. Best Pract Res Clin Haematol. 2014.
- [3] Kutler DI, i wsp. A 20-year perspective on the International Fanconi Anemia Registry (IFAR). Blood. 2003.
- [4] Rosenberg PS, Greene MH, Alter BP. Cancer incidence in persons with Fanconi anemia. Blood. 2003.
- [5] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [6] Fanconi Anemia Research Fund. Fanconi Anemia Clinical Care Guidelines. 5th ed. 2020.
Znaczenie genu
Warianty FANCG odpowiadają za ok. 10% przypadków FA; w FA-G często obserwuje się cięższą niewydolność szpiku i wcześniejsze MDS/AML.
Heterozygoty nie mają udokumentowanego zwiększonego ryzyka nowotworów.
Znaczenie praktyczne
Jak w FANCA.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: FA – związek ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Fanconi Anemia. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1401; PMID: 20301575
- [2] Alter BP. Fanconi anemia and the development of leukemia. Best Pract Res Clin Haematol. 2014.
- [3] Kutler DI, i wsp. A 20-year perspective on the International Fanconi Anemia Registry (IFAR). Blood. 2003.
- [4] Rosenberg PS, Greene MH, Alter BP. Cancer incidence in persons with Fanconi anemia. Blood. 2003.
- [5] Fanconi Anemia Research Fund. Fanconi Anemia Clinical Care Guidelines. 5th ed. 2020.
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty MUTYH powodują polipowatość związaną z MUTYH (MAP) – najczęstszą recesywną przyczynę polipowatości gruczolakowatej. W Europie najczęstsze warianty to p.Tyr179Cys i p.Gly396Asp. Fenotyp przypomina osłabioną FAP, a rak może wystąpić nawet przy niewielkiej liczbie polipów.
Nosicielstwo jednego wariantu jest częste (ok. 1–2% populacji). Dane dotyczące ryzyka u heterozygot są niespójne – część badań wskazuje na niewielki wzrost ryzyka raka jelita grubego, inne tego nie potwierdzają.
Znaczenie praktyczne
W MAP – kolonoskopia co 1–2 lata od ok. 18.–20. r.ż., gastroskopia/duodenoskopia od ok. 30.–35. r.ż., rozważenie kolektomii. U heterozygot – nadzór wg wywiadu rodzinnego (NCCN dopuszcza wcześniejszą kolonoskopię przy chorobie u krewnego I stopnia) oraz badanie partnera w kontekście rozrodczym.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Wynik „jeden wariant” musi być wyraźnie odróżniony od „dwóch wariantów” w raporcie – to zupełnie inne ryzyko. Przy dwóch wariantach należy ustalić ich położenie (trans/cis).
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): MUTYH (AR) – MAP – definitywny.
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] Nielsen M, i wsp. MUTYH Polyposis. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK107219; PMID: 23035301
- [2] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [3] Al-Tassan N, i wsp. Inherited variants of MYH associated with somatic G:C→T:A mutations in colorectal tumors. Nat Genet. 2002. PMID: 11818965
- [4] Win AK, i wsp. Risk of colorectal cancer for carriers of mutations in MUTYH, with and without a family history of cancer. Gastroenterology. 2014. PMID: 24444654
- [5] Zaffaroni G, i wsp. Updated European guidelines for clinical management of familial adenomatous polyposis (FAP), MUTYH-associated polyposis (MAP), gastric adenocarcinoma, proximal polyposis of the stomach (GAPPS) and other rare adenomatous polyposis syndromes: a joint EHTG-ESCP revision. Br J Surg. 2024.
- [6] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
- [7] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Colorectal Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
NBN ma szczególne znaczenie dla populacji polskiej. Słowiański wariant założycielski c.657_661delACAAA (657del5) występuje u ok. 0,5–0,6% Polaków; zespół Nijmegen (mikrocefalia, niedobór odporności, bardzo wysokie ryzyko chłoniaków) jest w Polsce, Czechach i na Ukrainie stosunkowo częsty, a polscy badacze (Chrzanowska i wsp.) mają istotny udział w jego opisaniu.
Polskie badania (Steffen i wsp., Cybulski i wsp.) wykazały, że heterozygoty 657del5 mają zwiększone ryzyko raka prostaty (także agresywnego) i raka piersi. Ogólnoświatowe badania populacyjne, w których 657del5 jest rzadki, nie potwierdziły NBN jako genu raka piersi – różnica wynika z efektu konkretnego wariantu w konkretnej populacji.
Znaczenie praktyczne
U heterozygot 657del5: rozważenie nadzoru piersi z MRI (wg modelu ryzyka) oraz wcześniejszego oznaczania PSA; ważne znaczenie rozrodcze (ryzyko NBS u potomstwa, jeśli partner jest nosicielem). U chorych z NBS – unikanie promieniowania jonizującego i opieka immunologiczno-hematologiczna.
Informacje interpretacyjne i techniczne
W opisie strony warto wprost rozróżnić wariant 657del5 (dane polskie) od pozostałych wariantów NBN (dowody słabe).
Klasyfikacja źródłowa: NBS – związek ustalony (GeneReviews). ClinGen HBOC (2019): NBN – rak piersi (AD) – dowody ograniczone/sporne (dla ogółu wariantów).
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] Varon R, Demuth I, Chrzanowska KH. Nijmegen Breakage Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1176
- [2] Steffen J, i wsp. Increased cancer risk of heterozygotes with NBS1 germline mutations in Poland. Int J Cancer. 2004. PMID: 15185344
- [3] Steffen J, i wsp. Germline mutations 657del5 of the NBS1 gene contribute significantly to the incidence of breast cancer in Central Poland. Int J Cancer. 2006. PMID: 16770759
- [4] Cybulski C, i wsp. NBS1 is a prostate cancer susceptibility gene. Cancer Res. 2004. PMID: 14973119
- [5] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [6] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [7] Inherited NBN mutations and prostate cancer risk and survival. 2019. PMID: 30590007
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty NTHL1 (w Europie najczęściej p.Gln90Ter) powodują zespół nowotworowy NTHL1 – początkowo opisany jako polipowatość, obecnie rozpoznawany jako zespół wielonarządowy z wysokim ryzykiem raka jelita grubego i piersi oraz wielu innych nowotworów, często mnogich.
Guzy mają charakterystyczną sygnaturę mutacyjną (SBS30), pomocną w diagnostyce.
Znaczenie praktyczne
W zespole NTHL1 – kolonoskopia co 1–2 lata od ok. 18.–20. r.ż., nadzór piersi i czujność w kierunku innych nowotworów (zalecenia GeneReviews). U heterozygot – znaczenie rozrodcze.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): NTHL1 (AR) – ustalony.
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] NTHL1 Tumor Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK555473; PMID: 32239880
- [2] Weren RD, i wsp. A germline homozygous mutation in the base-excision repair gene NTHL1 causes adenomatous polyposis and colorectal cancer. Nat Genet. 2015. PMID: 25938944
- [3] Grolleman JE, i wsp. Mutational signature analysis reveals NTHL1 deficiency to cause a multi-tumor phenotype. Cancer Cell. 2019. PMID: 30753826
- [4] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [5] Tumour spectrum, distinguishing features and management recommendations for NTHL1-associated tumour syndrome: a systematic review. 2025.
- [6] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Colorectal Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty POLH powodują wariantową postać xeroderma pigmentosum (XP-V). Naprawa przez wycinanie jest prawidłowa, ale komórki nie potrafią bezbłędnie replikować uszkodzonego DNA. Objawy są zwykle łagodniejsze i późniejsze niż w klasycznym XP, bez zajęcia neurologicznego – co sprzyja późnemu rozpoznaniu.
Heterozygoty nie mają udokumentowanego zwiększonego ryzyka.
Znaczenie praktyczne
Fotoprotekcja i nadzór dermatologiczny w XP-V; u heterozygot – znaczenie rozrodcze.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek z XP ustalony (GeneReviews XP).
Źródła i piśmiennictwo (7)
- [1] Kraemer KH, DiGiovanna JJ. Xeroderma Pigmentosum. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1397
- [2] DiGiovanna JJ, Kraemer KH. Shining a light on xeroderma pigmentosum. J Invest Dermatol. 2012.
- [3] Fassihi H, i wsp. Deep phenotyping of 89 xeroderma pigmentosum patients reveals unexpected heterogeneity dependent on the precise molecular defect. Proc Natl Acad Sci USA. 2016.
- [4] Kraemer KH, Lee MM, Scotto J. Xeroderma pigmentosum. Cutaneous, ocular, and neurologic abnormalities in 830 published cases. Arch Dermatol. 1987.
- [5] Masutani C, i wsp. The XPV (xeroderma pigmentosum variant) gene encodes human DNA polymerase eta. Nature. 1999. PMID: 10385124
- [6] Lehmann AR, McGibbon D, Stefanini M. Xeroderma pigmentosum. Orphanet J Rare Dis. 2011.
- [7] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Warianty PRSS1 (najczęściej p.Arg122His i p.Asn29Ile) powodują dziedziczne zapalenie trzustki – nawracające epizody ostrego zapalenia od dzieciństwa, prowadzące do przewlekłego zapalenia, niewydolności zewnątrz- i wewnątrzwydzielniczej.
Ryzyko raka trzustki jest wtórne do przewlekłego zapalenia; dawne szacunki (ok. 40%) okazały się zawyżone – francuska seria krajowa (Rebours i wsp. 2008) wskazuje na ok. 10% do 70. r.ż. Palenie tytoniu wyraźnie je zwiększa.
Znaczenie praktyczne
Opieka gastroenterologiczna (leczenie bólu, niewydolności trzustki, rozważenie całkowitej pankreatektomii z autoprzeszczepem wysp w wybranych przypadkach); bezwzględne unikanie tytoniu i alkoholu; nadzór w kierunku raka trzustki od ok. 40. r.ż. (CAPS).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Region PRSS1 zawiera sekwencje homologiczne (PRSS3P2/TRY6) i częste CNV (triplikacje locus) – wymagana walidacja.
Klasyfikacja źródłowa: Dziedziczne zapalenie trzustki – związek ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Shelton C, i wsp. PRSS1-Related Hereditary Pancreatitis. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK84399
- [2] Pancreatitis Overview. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK190101
- [3] Whitcomb DC, i wsp. Hereditary pancreatitis is caused by a mutation in the cationic trypsinogen gene. Nat Genet. 1996.
- [4] Rebours V, i wsp. Risk of pancreatic adenocarcinoma in patients with hereditary pancreatitis: a national exhaustive series. Am J Gastroenterol. 2008. PMID: 18184119
- [5] Goggins M, i wsp. Management of patients with increased risk for familial pancreatic cancer: updated recommendations from the International Cancer of the Pancreas Screening (CAPS) Consortium. Gut. 2020.
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty RECQL4 powodują zespół Rothmunda-Thomsona typu 2 (poikilodermia od niemowlęctwa, niskorosłość, wady kośćca), a także zespoły RAPADILINO i Bailera-Golda. W RTS typu 2 ryzyko kostniakomięsaka jest bardzo wysokie.
Znaczenie heterozygotycznych wariantów dla ryzyka nowotworów nie zostało ustalone.
Znaczenie praktyczne
W RTS – czujność w kierunku kostniakomięsaka (ból kości, obrzęk), rozważenie okresowego obrazowania; fotoprotekcja i kontrola dermatologiczna. U heterozygot – znaczenie rozrodcze.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek z RTS ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Wang LL, Plon SE. Rothmund-Thomson Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1237
- [2] Kitao S, i wsp. Mutations in RECQL4 cause a subset of cases of Rothmund-Thomson syndrome. Nat Genet. 1999. PMID: 10319867
- [3] Wang LL, i wsp. Association between osteosarcoma and deleterious mutations in the RECQL4 gene in Rothmund-Thomson syndrome. J Natl Cancer Inst. 2003.
- [4] Siitonen HA, i wsp. The mutation spectrum in RECQL4 diseases. Eur J Hum Genet. 2009. PMID: 18716613
- [5] Zhang J, i wsp. Germline mutations in predisposition genes in pediatric cancer. N Engl J Med. 2015.
Znaczenie genu
Wariant p.Asn34Ser (N34S) jest najczęstszym wariantem SPINK1 w Europie. Zwiększa kilkukrotnie ryzyko przewlekłego zapalenia trzustki, ale sam w sobie rzadko wystarcza do wywołania choroby – działa w połączeniu z innymi czynnikami (CFTR, CTRC, alkohol, palenie).
Ryzyko raka trzustki wynika z przewlekłego zapalenia, a nie z samego nosicielstwa.
Znaczenie praktyczne
Przy przewlekłym zapaleniu trzustki – opieka gastroenterologiczna i unikanie tytoniu/alkoholu. Samo nosicielstwo bez objawów nie uzasadnia nadzoru onkologicznego.
Informacje interpretacyjne i techniczne
W materiałach dla pacjentów nie należy przedstawiać SPINK1 jako genu raka.
Klasyfikacja źródłowa: Czynnik podatności na zapalenie trzustki – ustalony.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Pancreatitis Overview. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK190101
- [2] Witt H, i wsp. Mutations in the gene encoding the serine protease inhibitor, Kazal type 1 are associated with chronic pancreatitis. Nat Genet. 2000. PMID: 10835640
- [3] Whitcomb DC. Genetic risk factors for pancreatic disorders. Gastroenterology. 2013.
- [4] Goggins M, i wsp. Management of patients with increased risk for familial pancreatic cancer: updated recommendations from the International Cancer of the Pancreas Screening (CAPS) Consortium. Gut. 2020.
- [5] Rosendahl J, i wsp. CFTR, SPINK1, CTRC and PRSS1 variants in chronic pancreatitis: is the role of mutated CFTR overestimated? Gut. 2013.
Znaczenie genu
Warianty utraty funkcji TERT powodują zaburzenia biologii telomerów – od dyskeratozy wrodzonej po izolowane włóknienie płuc czy niewydolność szpiku u dorosłych. Ryzyko nowotworów (MDS/AML, raki płaskonabłonkowe) jest częścią tego szerszego zespołu.
Odrębnym mechanizmem jest germinalny wariant promotora TERT (–57 A>C), opisany w rodzinie z czerniakiem (Horn i wsp. 2013) – zwiększa ekspresję telomerazy. Takie warianty są bardzo rzadkie. Somatyczne mutacje promotora TERT w guzach są bardzo częste i nie oznaczają dziedziczenia.
Znaczenie praktyczne
Przy wariancie P/LP – ocena długości telomerów (flow-FISH), morfologia, ocena płuc i wątroby; ostrożność przy przeszczepie szpiku od spokrewnionego dawcy.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Należy sprawdzić, czy panel obejmuje region promotora (niekodujący) – w przeciwnym razie warianty promotorowe nie będą wykrywane.
Klasyfikacja źródłowa: Zaburzenia biologii telomerów – związek ustalony (GeneReviews DC/TBD).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Savage SA. Dyskeratosis Congenita and Related Telomere Biology Disorders. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK22301; PMID: 20301779
- [2] Horn S, i wsp. TERT promoter mutations in familial and sporadic melanoma. Science. 2013. PMID: 23348503
- [3] Germline TERT promoter mutations are rare in familial melanoma. 2016. PMID: 26433962
- [4] Armanios M, Blackburn EH. The telomere syndromes. Nat Rev Genet. 2012.
- [5] Alter BP, Giri N, Savage SA, Rosenberg PS. Cancer in dyskeratosis congenita. Blood. 2009.
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty WRN powodują zespół Wernera („progeria dorosłych”): przedwczesne starzenie od 3. dekady życia (siwienie, zaćma, owrzodzenia skóry, cukrzyca, miażdżyca). Ryzyko nowotworów jest wysokie, a spektrum nietypowe – przewaga nowotworów nienabłonkowych.
Zespół występuje częściej w Japonii (wariant założycielski). Heterozygoty nie mają udowodnionego zwiększonego ryzyka.
Znaczenie praktyczne
Zalecenia nadzoru onkologicznego w zespole Wernera opublikowano w 2024 r. U heterozygot – znaczenie rozrodcze.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek z zespołem Wernera ustalony (GeneReviews).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Oshima J, Martin GM, Hisama FM. Werner Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1514; PMID: 20301687
- [2] Yu CE, i wsp. Positional cloning of the Werner’s syndrome gene. Science. 1996. PMID: 8602509
- [3] Lauper JM, i wsp. Spectrum and risk of neoplasia in Werner syndrome: a systematic review. PLoS One. 2013.
- [4] Recommendations for cancer screening and surveillance in patients with Werner syndrome. 2024. PMID: 39180296
- [5] Goto M, i wsp. Excess of rare cancers in Werner syndrome (adult progeria). Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 1996.
Znaczenie genu
XP grupy A jest jedną z najcięższych postaci xeroderma pigmentosum: ostre reakcje fotoalergiczne od niemowlęctwa, bardzo wczesne nowotwory skóry i postępująca neurodegeneracja. Jest częstsza w Japonii (wariant założycielski).
Heterozygoty nie mają udokumentowanego zwiększonego ryzyka.
Znaczenie praktyczne
Jak w innych grupach XP; opieka neurologiczna. U heterozygot – znaczenie rozrodcze.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek z XP ustalony (GeneReviews XP).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Kraemer KH, DiGiovanna JJ. Xeroderma Pigmentosum. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1397
- [2] DiGiovanna JJ, Kraemer KH. Shining a light on xeroderma pigmentosum. J Invest Dermatol. 2012.
- [3] Fassihi H, i wsp. Deep phenotyping of 89 xeroderma pigmentosum patients reveals unexpected heterogeneity dependent on the precise molecular defect. Proc Natl Acad Sci USA. 2016.
- [4] Kraemer KH, Lee MM, Scotto J. Xeroderma pigmentosum. Cutaneous, ocular, and neurologic abnormalities in 830 published cases. Arch Dermatol. 1987.
- [5] Lehmann AR, McGibbon D, Stefanini M. Xeroderma pigmentosum. Orphanet J Rare Dis. 2011.
- [6] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
XP grupy C jest najczęstszą postacią xeroderma pigmentosum w Europie i USA. Chorzy zwykle nie mają nasilonych oparzeń słonecznych, co może opóźniać rozpoznanie, a nowotwory skóry pojawiają się już w dzieciństwie.
Heterozygoty nie mają udokumentowanego zwiększonego ryzyka.
Znaczenie praktyczne
Ścisła fotoprotekcja od wczesnego dzieciństwa, kontrole dermatologiczne i okulistyczne; u heterozygot – znaczenie rozrodcze.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek z XP ustalony (GeneReviews XP).
Źródła i piśmiennictwo (6)
- [1] Kraemer KH, DiGiovanna JJ. Xeroderma Pigmentosum. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1397
- [2] DiGiovanna JJ, Kraemer KH. Shining a light on xeroderma pigmentosum. J Invest Dermatol. 2012.
- [3] Fassihi H, i wsp. Deep phenotyping of 89 xeroderma pigmentosum patients reveals unexpected heterogeneity dependent on the precise molecular defect. Proc Natl Acad Sci USA. 2016.
- [4] Kraemer KH, Lee MM, Scotto J. Xeroderma pigmentosum. Cutaneous, ocular, and neurologic abnormalities in 830 published cases. Arch Dermatol. 1987.
- [5] Lehmann AR, McGibbon D, Stefanini M. Xeroderma pigmentosum. Orphanet J Rare Dis. 2011.
- [6] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
ABRAXAS1 opisano jako kandydata na gen raka piersi na podstawie fińskiego wariantu założycielskiego c.1082G>A (p.Arg361Gln), który zaburza lokalizację jądrową białka i funkcję BRCA1 (Solyom i wsp. 2012).
Poza populacją fińską dowody są bardzo skąpe, a gen nie był objęty głównymi analizami populacyjnymi potwierdzającymi geny raka piersi. Nie należy go przedstawiać jako genu o znaczeniu porównywalnym z BRCA1/2.
Znaczenie praktyczne
Wynik P/LP nie powinien samodzielnie zmieniać postępowania – decyzje opiera się na wywiadzie rodzinnym i modelach ryzyka.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Brak opublikowanej pełnej kuracji ClinGen (wg materiału źródłowego; do weryfikacji).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Solyom S, i wsp. Breast cancer-associated Abraxas mutation disrupts nuclear localization and DNA damage response functions. Sci Transl Med. 2012. PMID: 22357538
- [2] Castillo A, i wsp. BRCA1 mislocalization leads to aberrant DNA damage response in heterozygous ABRAXAS1 mutation carrier cells. Hum Mol Genet. 2019.
- [3] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [4] Richards S, i wsp. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the ACMG and AMP. Genet Med. 2015.
- [5] Rahman N. Realizing the promise of cancer predisposition genes. Nature. 2014.
Znaczenie genu
Receptor androgenowy jest kluczowym celem terapeutycznym w raku prostaty, a zmiany somatyczne AR (amplifikacje, warianty, formy splicingowe jak AR-V7) są mechanizmem oporności na leczenie hormonalne. Nie oznaczają one jednak dziedziczenia.
Germinalne warianty inaktywujące AR powodują zespoły niewrażliwości na androgeny (odrębne zagadnienie endokrynologiczne); rzadkie warianty opisywano w rakach piersi u mężczyzn. Długość powtórzeń CAG w AR była badana jako modyfikator ryzyka raka prostaty z niespójnymi wynikami.
Znaczenie praktyczne
Wynik nie powinien być podstawą decyzji profilaktycznych. Warto rozważyć, czy AR jest uzasadniony w panelu dziedzicznej predyspozycji – lub opisać go wyraźnie jako gen o znaczeniu głównie somatycznym/terapeutycznym.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Rekomendacja redakcyjna: w części pacjenckiej ograniczyć opis AR do jednego akapitu z wyraźną informacją o braku potwierdzonego związku dziedzicznego.
Klasyfikacja źródłowa: Brak kuracji ClinGen potwierdzającej dziedziczną predyspozycję nowotworową.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Pritchard CC, i wsp. Inherited DNA-repair gene mutations in men with metastatic prostate cancer. N Engl J Med. 2016. PMID: 27433846
- [2] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, Pancreatic, and Prostate (aktualna wersja).
- [3] Giri VN, i wsp. Implementation of germline testing for prostate cancer: Philadelphia Prostate Cancer Consensus Conference 2019. J Clin Oncol. 2020.
- [4] Antonarakis ES, i wsp. AR-V7 and resistance to enzalutamide and abiraterone in prostate cancer. N Engl J Med. 2014.
- [5] Rahman N. Realizing the promise of cancer predisposition genes. Nature. 2014.
Znaczenie genu
ATR jest kluczową kinazą odpowiedzi na stres replikacyjny i celem leków badanych w onkologii (inhibitory ATR). Bialleliczne warianty hipomorficzne powodują zespół Seckela (karłowatość z mikrocefalią).
Jedyne silniejsze dane dla dziedziczenia dominującego pochodzą z pojedynczej rodziny z rakiem jamy ustnej-gardła i teleangiektazjami (Tanaka i wsp. 2012). Heterozygotyczne warianty wykrywane w panelach należy interpretować bardzo ostrożnie.
Znaczenie praktyczne
Wynik nie powinien samodzielnie zmieniać postępowania.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Brak kuracji ClinGen potwierdzającej predyspozycję nowotworową.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Tanaka A, i wsp. Germline mutation in ATR in autosomal-dominant oropharyngeal cancer syndrome. Am J Hum Genet. 2012. PMID: 22341969
- [2] O’Driscoll M, i wsp. A splicing mutation affecting expression of ataxia-telangiectasia and Rad3-related protein (ATR) results in Seckel syndrome. Nat Genet. 2003.
- [3] Huang KL, i wsp. Pathogenic germline variants in 10,389 adult cancers. Cell. 2018.
- [4] Rahman N. Realizing the promise of cancer predisposition genes. Nature. 2014.
- [5] Richards S, i wsp. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the ACMG and AMP. Genet Med. 2015.
Znaczenie genu
Bialleliczna somatyczna inaktywacja CDK12 definiuje odrębny podtyp przerzutowego raka prostaty z charakterystycznymi ogniskowymi duplikacjami tandemowymi i potencjalną wrażliwością na immunoterapię. To znaczenie dotyczy genomu guza, nie dziedziczenia.
Pojawiają się pojedyncze doniesienia o germinalnych wariantach CDK12 u chorych na agresywnego raka prostaty, ale dowody na zwiększone ryzyko u nosicieli są niewystarczające.
Znaczenie praktyczne
Wynik germinalny nie powinien być podstawą decyzji profilaktycznych.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Rekomendacja redakcyjna: jasno oddzielić znaczenie somatyczne (terapeutyczne) od dziedzicznego.
Klasyfikacja źródłowa: Brak kuracji ClinGen potwierdzającej predyspozycję germinalną.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Wu YM, i wsp. Inactivation of CDK12 delineates a distinct immunogenic class of advanced prostate cancer. Cell. 2018.
- [2] CDK12-mutated prostate cancer: clinical outcomes with standard therapies and immune checkpoint blockade. JCO Precis Oncol. 2020. PMID: 32671317
- [3] Pritchard CC, i wsp. Inherited DNA-repair gene mutations in men with metastatic prostate cancer. N Engl J Med. 2016. PMID: 27433846
- [4] Rahman N. Realizing the promise of cancer predisposition genes. Nature. 2014.
- [5] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, Pancreatic, and Prostate (aktualna wersja).
Znaczenie genu
Aktywujące warianty EPAS1 (HIF2A) odpowiadają za zespół Pacaka-Zhuang: przyzwojaki/guzy chromochłonne, somatostatinoma i czerwienicę, często z nieprawidłowościami oka. W większości przypadków wariant powstaje po zapłodnieniu (mozaikowatość) i nie jest wykrywalny lub jest wykrywany z niską frakcją w krwi.
Dlatego wynik ujemny z krwi nie wyklucza zespołu, a wynik dodatni o niskiej VAF przemawia za mozaikowatością z niskim ryzykiem przekazania potomstwu. Od 2022 r. opisano skuteczność inhibitora HIF-2α (belzutifanu) w tym zespole.
Znaczenie praktyczne
Przy podejrzeniu klinicznym – badanie tkanki guza; nadzór jak w PPGL; ryzyko dla potomstwa zależy od tego, czy wariant jest obecny w linii zarodkowej.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Związek z PPGL uznany, ale przypadki germinalne rzadkie (GeneReviews PPGL).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Hereditary Paraganglioma-Pheochromocytoma Syndromes. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1548
- [2] Zhuang Z, i wsp. Somatic HIF2A gain-of-function mutations in paraganglioma with polycythemia. N Engl J Med. 2012. PMID: 22931260
- [3] Novel HIF2A mutations disrupt oxygen sensing, leading to polycythemia, paragangliomas, and somatostatinomas. 2013. PMID: 23361906
- [4] Kamihara J, i wsp. Belzutifan, a potent HIF2α inhibitor, in the Pacak–Zhuang syndrome. N Engl J Med. 2021.
- [5] Neumann HPH, Young WF Jr, Eng C. Pheochromocytoma and paraganglioma. N Engl J Med. 2019.
Znaczenie genu
GALNT12 zaproponowano jako gen predyspozycji do raka jelita grubego na podstawie germinalnych wariantów inaktywujących enzym (Guda i wsp. 2009) i późniejszych badań asocjacyjnych (Evans i wsp. 2018), sugerujących umiarkowane ryzyko.
Inne analizy (np. w rodzinach „rodzinnego raka jelita typu X”) nie potwierdziły istotnego udziału genu. ClinGen klasyfikuje związek jako ograniczony – w części pacjenckiej: „częściowa siła dowodów”.
Znaczenie praktyczne
Wynik nie powinien samodzielnie zmieniać postępowania; nadzór jelita grubego ustala się na podstawie wywiadu rodzinnego.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen: GALNT12 – dziedziczna podatność na raka jelita grubego – Limited (na stronie: „częściowa siła dowodów”).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Guda K, i wsp. Inactivating germ-line and somatic mutations in polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 12 in human colon cancers. Proc Natl Acad Sci USA. 2009. PMID: 19617566
- [2] Evans DR, i wsp. Evidence for GALNT12 as a moderate penetrance gene for colorectal cancer. 2018. PMID: 29749045
- [3] Role of GALNT12 in the genetic predisposition to attenuated adenomatous polyposis syndrome. 2017. PMID: 29095867
- [4] Seguí N, i wsp. GALNT12 is not a major contributor of familial colorectal cancer type X. Hum Mutat. 2014.
- [5] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
Znaczenie genu
GEN1 był rozważany jako kandydat na gen raka piersi, jednak badania mutacyjne i asocjacyjne (m.in. Turnbull i wsp. 2010) nie wykazały zwiększonego ryzyka. ClinGen uznał autosomalnie dominujący związek GEN1 z dziedzicznym rakiem piersi za obalony (Refuted).
Polskie badanie z 2025 r. (Int J Mol Sci) analizujące GEN1 jako gen podatności na raka piersi u Polek jest istotnym, lokalnym punktem odniesienia – przed publikacją warto zweryfikować jego wnioski i ewentualnie przywołać je w opisie.
Znaczenie praktyczne
Wynik nie powinien być podstawą żadnych decyzji klinicznych. Rekomendacja: rozważyć usunięcie GEN1 z raportowanej części panelu lub opisywanie go wyłącznie jako genu badawczego.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Obecność genu o obalonym związku w panelu diagnostycznym może być dla pacjenta myląca – w materiale pacjenckim potrzebny jest wyraźny komunikat.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen: GEN1 – AD dziedziczny rak piersi – Refuted (kuracja z 2023 r.; data widoczna w bazie ClinGen).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Turnbull C, i wsp. Mutation and association analysis of GEN1 in breast cancer susceptibility. Breast Cancer Res Treat. 2010.
- [2] Analysis of GEN1 as a breast cancer susceptibility gene in Polish women. Int J Mol Sci. 2025. PMID: 40649769
- [3] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [4] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [5] Rahman N. Realizing the promise of cancer predisposition genes. Nature. 2014.
Znaczenie genu
KIF1B leży w regionie 1p36, często usuwanym w neuroblastomie. Germinalne warianty opisano w pojedynczych rodzinach z guzami chromochłonnymi i neuroblastomą (Schlisio i wsp. 2008; Yeh i wsp. 2008).
Kolejne badania nie dostarczyły przekonujących dowodów na istotną rolę KIF1B w dziedzicznych PPGL; gen nie jest uwzględniany w większości wytycznych dotyczących testowania PPGL.
Znaczenie praktyczne
Wynik nie powinien samodzielnie zmieniać postępowania.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Brak kuracji ClinGen potwierdzającej związek (do weryfikacji).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Schlisio S, i wsp. The kinesin KIF1Bβ acts downstream from EglN3 to induce apoptosis and is a potential 1p36 tumor suppressor. Genes Dev. 2008. PMID: 18334619
- [2] Yeh IT, i wsp. A germline mutation of the KIF1Bβ gene on 1p36 in a family with neural and nonneural tumors. Hum Genet. 2008.
- [3] Hereditary Paraganglioma-Pheochromocytoma Syndromes. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1548
- [4] Neumann HPH, Young WF Jr, Eng C. Pheochromocytoma and paraganglioma. N Engl J Med. 2019.
- [5] Lenders JWM, i wsp. Genetics, diagnosis, management and future directions of research of phaeochromocytoma and paraganglioma: a position statement and consensus of the Working Group on Endocrine Hypertension of the European Society of Hypertension. J Hypertens. 2020.
Znaczenie genu
Bennett i wsp. (2010) opisali germinalną hipermetylację promotora KLLN u części osób z zespołem Cowdena lub fenotypem Cowden-podobnym bez wariantu PTEN, z wyższym ryzykiem raka nerki i piersi.
Mechanizmem jest zmiana epigenetyczna, a nie wariant sekwencji – dlatego klasyczne sekwencjonowanie KLLN ma bardzo ograniczoną wartość diagnostyczną. Warianty sekwencji KLLN nie mają ustalonego znaczenia.
Znaczenie praktyczne
Wynik sekwencjonowania nie powinien zmieniać postępowania. Osoby z fenotypem Cowdena bez wariantu PTEN wymagają opieki opartej na obrazie klinicznym.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Kluczowe ograniczenie techniczne: panel NGS nie wykrywa hipermetylacji promotora – należy to zaznaczyć w opisie.
Klasyfikacja źródłowa: Brak ustalonego monogenowego zespołu (wg materiału źródłowego).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Bennett KL, Mester J, Eng C. Germline epigenetic regulation of KILLIN in Cowden and Cowden-like syndrome. JAMA. 2010. PMID: 21177507
- [2] Cho YJ, Liang P. Killin is a p53-regulated nuclear inhibitor of DNA synthesis. Proc Natl Acad Sci USA. 2008.
- [3] Eng C. PTEN Hamartoma Tumor Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1488; PMID: 20301661
- [4] Bennett KL, i wsp. Germline and somatic DNA methylation and epigenetic regulation of KILLIN in renal cell carcinoma. Genes Chromosomes Cancer. 2011. PMID: 21584899
- [5] Richards S, i wsp. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the ACMG and AMP. Genet Med. 2015.
Znaczenie genu
Warianty MC1R są bardzo częste w populacji europejskiej. Tzw. warianty „R” (np. D84E, R151C, R160W, D294H) wiążą się z fenotypem rudych włosów i jasnej skóry oraz około dwukrotnym wzrostem ryzyka czerniaka – także niezależnie od fenotypu (metaanalizy Raimondi 2008, Williams 2011).
MC1R modyfikuje także penetrancję wariantów CDKN2A i CDK4. Nie jest to jednak gen „zespołu” – nosicielstwo nie uzasadnia postępowania jak w rodzinnym czerniaku.
Znaczenie praktyczne
Ochrona przed UV i samobadanie skóry; kontrola dermatologiczna zależy od fenotypu i wywiadu rodzinnego.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Rekomendacja: w raporcie nie klasyfikować częstych wariantów MC1R jako „patogennych” w sensie ACMG – lepiej opisywać je jako czynniki ryzyka (risk alleles).
Klasyfikacja źródłowa: Gen modyfikujący podatność na czerniaka; nie klasyczny gen monogenowy.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Raimondi S, i wsp. MC1R variants, melanoma and red hair color phenotype: a meta-analysis. Int J Cancer. 2008. PMID: 18366057
- [2] Williams PF, i wsp. Melanocortin 1 receptor and risk of cutaneous melanoma: a meta-analysis and estimates of population burden. Int J Cancer. 2011. PMID: 21128237
- [3] Dębniak T, i wsp. MC1R common variants, CDKN2A and their association with melanoma and breast cancer risk. Int J Cancer. 2006.
- [4] Puntervoll HE, i wsp. Melanoma prone families with CDK4 germline mutation: phenotypic profile and associations with MC1R variants. J Med Genet. 2013. PMID: 23384855
- [5] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Skin Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
MDH2 zidentyfikowano w 2015 r. metodą sekwencjonowania eksomu jako nowy gen rodzinnych przyzwojaków (Cascón i wsp.). Mechanizm – akumulacja metabolitów cyklu Krebsa – jest analogiczny do SDHx i FH.
Liczba opisanych nosicieli jest bardzo mała, a penetracja nieznana.
Znaczenie praktyczne
Przy wariancie P/LP u chorego z PPGL – nadzór jak w innych dziedzicznych PPGL; u zdrowych krewnych – decyzja indywidualna.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: Rzadki gen PPGL; dowody częściowe.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Cascón A, i wsp. Whole-exome sequencing identifies MDH2 as a new familial paraganglioma gene. J Natl Cancer Inst. 2015. PMID: 25766404
- [2] Hereditary Paraganglioma-Pheochromocytoma Syndromes. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1548
- [3] Neumann HPH, Young WF Jr, Eng C. Pheochromocytoma and paraganglioma. N Engl J Med. 2019.
- [4] Dahia PL. Pheochromocytoma and paraganglioma pathogenesis: learning from genetic heterogeneity. Nat Rev Cancer. 2014.
- [5] Lenders JWM, i wsp. Genetics, diagnosis, management and future directions of research of phaeochromocytoma and paraganglioma: a position statement and consensus of the Working Group on Endocrine Hypertension of the European Society of Hypertension. J Hypertens. 2020.
Znaczenie genu
W 2019 r. opisano bialleliczny wariant MLH3 (p.Ser1188Ter) jako przyczynę recesywnej polipowatości gruczolakowatej (Olkinuora i wsp.). Jest to więc przede wszystkim gen recesywny – oryginalny opis w materiale wymieniał to, ale zasługuje to na wyeksponowanie.
Związek heterozygotycznych wariantów z autosomalnie dominującym rakiem jelita grubego (dawniej sugerowany jako „Lynch-podobny”) ClinGen ocenił w 2024 r. jako ograniczony.
Znaczenie praktyczne
Dwa warianty P/LP – postępowanie jak w polipowatości recesywnej (kolonoskopia w skróconych odstępach). Pojedynczy wariant – brak podstaw do odrębnego nadzoru.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen: MLH3 – AD dziedziczny rak jelita grubego – Limited (ponowna ocena 2024; na stronie: „częściowa siła dowodów”).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Olkinuora A, i wsp. Biallelic germline nonsense variant of MLH3 underlies polyposis predisposition. Genet Med. 2019. PMID: 30573798
- [2] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [3] Wu Y, i wsp. MLH3 mutations in patients with hereditary nonpolyposis colorectal cancer. Nat Genet. 2001.
- [4] Evaluating the role of MLH3 p.Ser1188Ter variant in inherited breast cancer predisposition. Genet Med. 2020.
- [5] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Colorectal Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty MRE11 powodują rzadkie zaburzenie podobne do ataksji-teleangiektazji (ATLD). Heterozygotyczne warianty były badane jako czynnik ryzyka raka piersi – poszczególne rzadkie warianty missense w domenach funkcjonalnych sugerowały niewielki efekt (Damiola i wsp. 2014).
ClinGen w 2023 r. uznał autosomalnie dominujący związek MRE11 z dziedzicznym rakiem piersi za obalony (Refuted). Nie należy go przedstawiać jako genu ryzyka raka.
Znaczenie praktyczne
Wynik heterozygotyczny nie powinien być podstawą decyzji klinicznych; ma znaczenie wyłącznie rozrodcze (ATLD).
Informacje interpretacyjne i techniczne
Rekomendacja: rozważyć wyłączenie MRE11 z raportowanej części panelu.
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen: MRE11 – AD dziedziczny rak piersi – Refuted (2023; wg materiału źródłowego).
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Damiola F, i wsp. Rare key functional domain missense substitutions in MRE11A, RAD50, and NBN contribute to breast cancer susceptibility: results from a Breast Cancer Family Registry case-control mutation-screening study. Breast Cancer Res. 2014. PMID: 24894818
- [2] Stewart GS, i wsp. The DNA double-strand break repair gene hMRE11 is mutated in individuals with an ataxia-telangiectasia-like disorder. Cell. 1999.
- [3] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [4] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
- [5] Hu C, i wsp. A population-based study of genes previously implicated in breast cancer (CARRIERS). N Engl J Med. 2021. PMID: 33471974
Znaczenie genu
Bialleliczne warianty MSH3 opisano w 2016 r. jako przyczynę recesywnej polipowatości gruczolakowatej (Adam i wsp.). Guzy wykazują charakterystyczną niestabilność typu EMAST (zmiany w powtórzeniach tetranukleotydowych).
Pojedyncze warianty MSH3 są częste i nie wiążą się z udokumentowanym wzrostem ryzyka.
Znaczenie praktyczne
Dwa warianty P/LP – postępowanie jak w polipowatości (kolonoskopia co 1–2 lata). Pojedynczy wariant – brak odrębnych zaleceń.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Siła dowodów dla postaci biallelicznej jest wyższa niż sugeruje Grupa IV – rozważyć przeniesienie do Grupy III (geny recesywne).
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen (CRC): MSH3 (AR) – polipowatość – do weryfikacji w aktualnej bazie.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Adam R, i wsp. Exome sequencing identifies biallelic MSH3 germline mutations as a recessive subtype of colorectal adenomatous polyposis. Am J Hum Genet. 2016. PMID: 27476653
- [2] Seifert BA, i wsp. Determining the clinical validity of hereditary colorectal cancer and polyposis susceptibility genes using the Clinical Genome Resource Clinical Validity Framework. Genet Med. 2019. PMID: 30523343
- [3] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Colorectal, Endometrial, and Gastric (aktualna wersja).
- [4] Idos G, Valle L. Lynch Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1211
- [5] PDQ® Cancer Genetics Editorial Board. Genetics of Colorectal Cancer (PDQ®) – Health Professional Version. National Cancer Institute (aktualizacja bieżąca).
Znaczenie genu
MSR1 był w latach 2002–2003 zaproponowany jako gen podatności na dziedzicznego raka prostaty (Xu i wsp.). Kolejne badania w różnych populacjach dały sprzeczne wyniki i nie potwierdziły istotnego efektu.
Gen nie jest obecnie uwzględniany w wytycznych dotyczących germinalnego testowania w raku prostaty.
Znaczenie praktyczne
Wynik nie powinien samodzielnie zmieniać postępowania.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Rekomendacja: rozważyć wyłączenie z części raportowanej lub wyraźne oznaczenie jako gen badawczy.
Klasyfikacja źródłowa: Dowody sprzeczne; brak kuracji ClinGen potwierdzającej związek.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Xu J, i wsp. Germline mutations and sequence variants of the macrophage scavenger receptor 1 gene are associated with prostate cancer risk. Nat Genet. 2002. PMID: 12244320
- [2] Xu J, i wsp. Common sequence variants of the macrophage scavenger receptor 1 gene are associated with prostate cancer risk. Am J Hum Genet. 2003. PMID: 12471593
- [3] Lindmark F, i wsp. Analysis of the macrophage scavenger receptor 1 gene in Swedish hereditary and sporadic prostate cancer. Prostate. 2004.
- [4] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Genetic/Familial High-Risk Assessment: Breast, Ovarian, Pancreatic, and Prostate (aktualna wersja).
- [5] Pritchard CC, i wsp. Inherited DNA-repair gene mutations in men with metastatic prostate cancer. N Engl J Med. 2016. PMID: 27433846
Znaczenie genu
Wariant PTCH2 opisano w chińskiej rodzinie z zespołem Gorlina (Fujii i wsp. 2013). Później opisano jednak zdrową osobę z homozygotycznym wariantem skracającym PTCH2 (2019), a analiza z 2021 r. wskazała, że PTCH2 nie jest silnym kandydatem na gen zespołu Gorlina.
ClinGen klasyfikuje związek jako ograniczony; część danych przemawia wręcz przeciwko związkowi.
Znaczenie praktyczne
Wynik nie powinien samodzielnie zmieniać postępowania.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Klasyfikacja źródłowa: ClinGen: PTCH2 – NBCCS – Limited (na stronie: „częściowa siła dowodów”); nowsze dane przemawiają przeciw.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Fujii K, i wsp. Frameshift mutation in the PTCH2 gene can cause nevoid basal cell carcinoma syndrome. Fam Cancer. 2013. PMID: 23479190
- [2] A healthy individual with a homozygous PTCH2 frameshift variant: are variants of PTCH2 associated with nevoid basal cell carcinoma syndrome? 2019. PMID: 30820324
- [3] PTCH2 is not a strong candidate gene for Gorlin syndrome predisposition. 2021. PMID: 34170463
- [4] Evans DG, Farndon PA. Nevoid Basal Cell Carcinoma Syndrome. W: Adam MP i wsp. (red.). GeneReviews®. Seattle (WA): University of Washington; 1993–2026. NBK1151
- [5] Richards S, i wsp. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the ACMG and AMP. Genet Med. 2015.
Znaczenie genu
RAD54L jest biologicznie zasadnym kandydatem (szlak rekombinacji homologicznej), ale nie ma opublikowanych badań potwierdzających zwiększone ryzyko nowotworów u nosicieli wariantów germinalnych. Somatyczne zmiany opisywano pojedynczo w różnych nowotworach.
Gen nie był objęty głównymi analizami populacyjnymi genów raka piersi, a ClinGen nie opublikował kuracji potwierdzającej związek.
Znaczenie praktyczne
Wynik nie powinien być podstawą decyzji klinicznych.
Informacje interpretacyjne i techniczne
Rekomendacja: rozważyć wyłączenie z części raportowanej lub oznaczenie jako gen badawczy. Dla RAD54L nie udało się wskazać pracy klinicznej potwierdzającej predyspozycję – poniżej podano źródła ramowe.
Klasyfikacja źródłowa: Brak kuracji ClinGen potwierdzającej związek.
Źródła i piśmiennictwo (5)
- [1] Richards S, i wsp. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the ACMG and AMP. Genet Med. 2015.
- [2] Rahman N. Realizing the promise of cancer predisposition genes. Nature. 2014.
- [3] Lee K, i wsp. Clinical validity assessment of genes frequently tested on hereditary breast and ovarian cancer susceptibility sequencing panels (ClinGen). Genet Med. 2019. PMID: 30504931
- [4] Huang KL, i wsp. Pathogenic germline variants in 10,389 adult cancers. Cell. 2018.
- [5] Breast Cancer Association Consortium; Dorling L, i wsp. Breast cancer risk genes — association analysis in more than 113,000 women. N Engl J Med. 2021. PMID: 33471991
Czy wiesz, że?
Odziedziczenie wariantu patogennego w niektórych genach może znacząco zwiększać ryzyko zachorowania na określone typy nowotworów. W wybranych zespołach dziedzicznej predyspozycji ryzyko to może być bardzo wysokie i sięgać nawet kilkudziesięciu procent w ciągu życia, a w niektórych rzadkich zespołach nawet około 90%. Nie oznacza to jednak, że choroba na pewno wystąpi — wynik badania genetycznego wskazuje predyspozycję, czyli zwiększoną podatność, którą należy interpretować w kontekście wywiadu rodzinnego, wieku, płci i konsultacji lekarskiej.
Wiedza o dziedzicznym ryzyku ma szczególne znaczenie, ponieważ pozwala wcześniej zaplanować profilaktykę. Osoba, u której wykryto istotny wariant genetyczny, może wraz z lekarzem ustalić indywidualny harmonogram badań kontrolnych, rozpocząć diagnostykę wcześniej niż populacja ogólna oraz zwrócić uwagę na nowotwory, które częściej występują w danym zespole predyspozycji. Taka informacja może być ważna również dla bliskich krewnych, ponieważ warianty dziedziczne mogą być przekazywane w rodzinie.
ONKOprofil nie jest badaniem rozpoznającym nowotwór. Jego celem jest ocena, czy w analizowanych genach występują warianty związane z podwyższonym ryzykiem nowotworów dziedzicznych. Wynik może stać się punktem wyjścia do świadomej rozmowy z lekarzem, konsultacji genetycznej oraz przygotowania spersonalizowanego planu profilaktyki.
Największą wartością badania nie jest sama informacja o genie, ale plan działania po wyniku
ONKOprofil pozwala spojrzeć na profilaktykę onkologiczną w sposób bardziej indywidualny. Wynik badania może wskazać, czy u pacjenta występuje wariant patogenny lub prawdopodobnie patogenny w genie związanym z dziedziczną predyspozycją do nowotworów. Taka informacja nie oznacza rozpoznania choroby, ale może istotnie zmienić sposób myślenia o kontroli zdrowia.
Największą wartością badania jest możliwość przełożenia wyniku na konkretny plan profilaktyki: jakie narządy należy kontrolować, jakie badania warto rozważyć, od jakiego wieku rozpocząć nadzór, jak często wykonywać kontrole i czy informacja może mieć znaczenie również dla członków rodziny.
Ocena ryzyka osobistego
Wynik pomaga określić, czy pacjent może wymagać innego poziomu czujności onkologicznej niż populacja ogólna.
Ryzyko zależne od wieku
W wielu zespołach dziedzicznej predyspozycji ryzyko nie jest stałe — może narastać wraz z wiekiem i wymagać rozpoczęcia kontroli wcześniej.
Profilaktyka dla rodziny
Jeśli wariant ma charakter dziedziczny, wynik może być ważny również dla dzieci, rodzeństwa i rodziców pacjenta.
Co oznacza wynik z wariantem patogennym?
Wykrycie wariantu patogennego nie oznacza, że pacjent ma nowotwór ani że na pewno zachoruje. Oznacza natomiast, że w analizowanym genie wykryto zmianę, która może zwiększać predyspozycję do określonych typów nowotworów. W praktyce taki wynik powinien być punktem wyjścia do rozmowy z lekarzem, konsultacji genetycznej oraz zaplanowania indywidualnej profilaktyki.
Dlatego w ONKOprofilu szczególne znaczenie ma nie tylko sama identyfikacja wariantu, ale również opis jego możliwego znaczenia klinicznego, wskazanie powiązanych ryzyk nowotworowych oraz rekomendacja dalszego postępowania profilaktycznego.
Plan profilaktyki — najważniejszy element raportu
Największą praktyczną wartością badania jest możliwość stworzenia mapy dalszego postępowania. Taki plan może obejmować wskazanie obszarów szczególnej kontroli, sugerowany kierunek konsultacji oraz badania, które warto omówić z lekarzem.
- wcześniejsze rozpoczęcie badań kontrolnych,
- częstszy nadzór nad narządami szczególnego ryzyka,
- dobór badań obrazowych, endoskopowych lub laboratoryjnych do profilu ryzyka,
- skierowanie do poradni genetycznej lub odpowiedniego specjalisty,
- omówienie wyniku w kontekście historii rodzinnej.
Ryzyko związane z wiekiem
W dziedzicznych predyspozycjach nowotworowych bardzo ważne jest nie tylko pytanie „czy ryzyko jest podwyższone”, ale również „kiedy zaczyna mieć znaczenie kliniczne”. Niektóre zespoły predyspozycji wymagają rozpoczęcia kontroli wcześniej niż standardowe programy populacyjne.
- ryzyko może narastać wraz z wiekiem,
- moment rozpoczęcia badań może zależeć od genu i typu nowotworu,
- duże znaczenie ma wiek zachorowania krewnych,
- profilaktyka powinna być dostosowana do płci, wieku i historii rodzinnej,
- wynik powinien być omówiony z lekarzem w celu dobrania właściwego harmonogramu kontroli.
Od wyniku do działania
Wynik ONKOprofilu powinien być traktowany jako narzędzie do podejmowania decyzji, a nie jako samodzielna diagnoza. Jeśli wykryto wariant patogenny, najważniejsze jest przełożenie tej informacji na praktyczny plan: konsultacje, badania kontrolne, częstotliwość obserwacji i ocenę ryzyka rodzinnego.
Dzięki temu badanie genetyczne może stać się realnym elementem nowoczesnej profilaktyki onkologicznej — pozwala działać wcześniej, bardziej precyzyjnie i z większą świadomością indywidualnego ryzyka.
Ważne: zalecenia profilaktyczne po wykryciu wariantu patogennego powinny być ustalane indywidualnie przez lekarza lub poradnię genetyczną. ONKOprofil nie rozpoznaje choroby nowotworowej, ale może dostarczyć danych istotnych dla planowania kontroli zdrowia i profilaktyki rodzinnej.
Bądź świadomy! Jaką wartość ma profilaktyka po otrzymaniu wyniku ONKOprofil
Ocena ryzyka
Oceni ryzyko odziedziczenia
choroby nowotworowej
Profilaktyka
Umożliwi wczesne działania zapobiegawcze
Wczesna diagnoza
Pomoże wykryć raka na
wczesnym etapie rozwoju
Wiedza, która może ratować życie
Badanie ONKOprofil ma znaczenie nie tylko u osób zdrowych, które chcą ocenić dziedziczną predyspozycję do nowotworów. Może być również bardzo ważne dla pacjentów, u których choroba nowotworowa została już rozpoznana. Wynik badania genetycznego może pomóc lepiej zrozumieć, czy nowotwór mógł rozwinąć się na podłożu wrodzonej predyspozycji, a nie wyłącznie w wyniku zmian nabytych w ciągu życia.
Taka wiedza ma praktyczne znaczenie. Wykrycie wariantu patogennego może wskazywać na zwiększone ryzyko wystąpienia innych nowotworów u tego samego pacjenta, co pozwala zaplanować bardziej świadomy nadzór, wcześniejsze badania kontrolne i indywidualną profilaktykę. Wynik może być również ważny dla najbliższej rodziny, ponieważ część wariantów dziedzicznych może być przekazywana krewnym.
Znaczenie terapeutyczne: u pacjentów onkologicznych informacja o wariancie genetycznym może wspierać decyzje terapeutyczne. W wybranych sytuacjach klinicznych wykrycie zmian w genach związanych z naprawą DNA, takich jak BRCA1, BRCA2 lub inne geny szlaku rekombinacji homologicznej, może mieć znaczenie przy kwalifikacji do określonych metod leczenia, w tym terapii celowanych, takich jak inhibitory PARP.
Ostateczna decyzja terapeutyczna zawsze należy do lekarza prowadzącego i powinna uwzględniać typ nowotworu, stadium choroby, wynik badania guza, stan kliniczny pacjenta oraz aktualne rekomendacje leczenia.
Ważne: ONKOprofil nie rozpoznaje nowotworu i nie zastępuje diagnostyki onkologicznej. Dostarcza jednak informacji, która może mieć kluczowe znaczenie dla pacjenta, jego rodziny oraz dalszego planu leczenia i profilaktyki.
Jeden zakres badania — dla kobiet i mężczyzn
ONKOprofil 108 genów
2 100,00 złDodaj do koszyka
ONKOprofil 108 genów — jeden wspólny zakres badania dla kobiet i mężczyzn. Panel jest ukierunkowany na ocenę dziedzicznej predyspozycji do wielu nowotworów i zespołów zwiększonego ryzyka nowotworowego.
Dla całej rodziny
Wynik badania może być niezwykle wartościowy dla krewnych, pomagając im poznać ich własne ryzyko i wdrożyć działania zapobiegawcze.
Pobierz przykładowy raport badania
Najczęstsze pytania o badanie ONKOprofil
Czy ONKOprofil jest badaniem wykrywającym raka?
Nie. ONKOprofil nie rozpoznaje choroby nowotworowej. Jest to badanie genetyczne ryzyka nowotworów dziedzicznych, które ocenia obecność wariantów mogących zwiększać predyspozycję do określonych typów nowotworów.
Dla kogo przeznaczone jest badanie genetyczne ryzyka nowotworów dziedzicznych?
Badanie warto rozważyć u osób, u których w rodzinie występowały nowotwory, szczególnie jeżeli choroba pojawiła się u kilku krewnych, została rozpoznana przed 50. rokiem życia albo dotyczyła nowotworów piersi, jajnika, prostaty, jelita grubego, trzustki, żołądka lub czerniaka.
Jakie geny analizuje ONKOprofil Novazym?
ONKOprofil analizuje 108 genów związanych z dziedziczną predyspozycją do nowotworów. Pełny aktualny zakres wraz z rozszerzonym opisem każdego genu znajduje się w interaktywnej Księdze genów ONKOprofil powyżej. Geny można wyszukiwać po symbolu, mechanizmie lub obszarze klinicznym.
Co oznacza wynik dodatni w badaniu ONKOprofil?
Wynik dodatni oznacza wykrycie wariantu genetycznego, który może zwiększać ryzyko określonych nowotworów. Taki wynik powinien być omówiony z lekarzem lub poradnią genetyczną w celu zaplanowania indywidualnej profilaktyki.
Czy brak wariantu patogennego wyklucza ryzyko raka?
Nie. Brak wykrycia wariantu patogennego zmniejsza prawdopodobieństwo dziedzicznej predyspozycji w analizowanych genach, ale nie wyklucza całkowicie ryzyka zachorowania. Na ryzyko nowotworów wpływają również wiek, styl życia, czynniki środowiskowe i historia rodzinna.
Czy wynik ONKOprofil może mieć znaczenie dla rodziny?
Tak. Jeżeli wykryty wariant ma charakter dziedziczny, informacja może być ważna również dla krewnych pierwszego stopnia. Wynik może stanowić podstawę do rozmowy o konsultacji genetycznej i świadomym planowaniu profilaktyki rodzinnej.
Skontaktuj się z nami — pomożemy umówić badanie ONKOprofil
Badanie ONKOprofil jest dostępne w sieci placówek partnerskich Novazym, w tym w placówkach takich jak TestDNA oraz POLMED. Skontaktuj się z nami, a wyjaśnimy zakres badania, sposób pobrania materiału oraz wskażemy możliwość wykonania badania w placówce partnerskiej.
Odpowiemy na pytania dotyczące zakresu panelu, pełnego zakresu 108 genów, znaczenia wyniku, czasu realizacji oraz dalszych kroków po otrzymaniu raportu. Naszym celem jest, aby pacjent otrzymał nie tylko wynik badania, ale przede wszystkim praktyczną informację wspierającą świadomą profilaktykę onkologiczną.
Zapraszamy również centra medyczne do kontaktu i współpracy.
Novazym rozwija dostęp do nowoczesnej profilaktyki onkologicznej opartej na diagnostyce molekularnej. Placówki medyczne zainteresowane wdrożeniem badań ONKOprofil oraz współpracą w zakresie edukacji pacjentów, profilaktyki rodzinnej i diagnostyki genetycznej zapraszamy do rozmowy o modelu współpracy.
Skontaktuj się z nami poprzez formularz poniżej.
Wypełnij formularz kontaktowy, a nasz zespół odpowie na pytania, przekaże informacje o dostępności badania w placówkach partnerskich oraz pomoże w ustaleniu dalszych kroków.
Novazym Sp. z o.o. — diagnostyka molekularna, profilaktyka onkologiczna i wdrażanie nowoczesnych badań genetycznych oraz epigenetycznych do praktyki medycznej.